Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,484,556 | A→T | 10.5% | P39P (CCA→CCT) | idnK → | D‑gluconate kinase, thermosensitive |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,484,556 | 0 | A | T | 10.5% | 541.8 / 44.0 | 181 | P39P (CCA→CCT) | idnK | D‑gluconate kinase, thermosensitive |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (71/91); new base T (7/12); total (78/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.31e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
CAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCCTGGCTGGAACGCTTAAATGATGCTTCATACAGTCTTTATAAAAAGAATGAAACAGGATTTATTGTCTGTTCATCATTAAAAAAACAG > CP009273/4484410‑4484703 | cagcagGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAg < 2:1270206/148‑1 (MQ=255) agcagGGAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGc < 2:2187378/148‑1 (MQ=255) aaGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAat > 1:2547378/1‑148 (MQ=255) aaGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAat 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gatTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGa > 2:1141753/1‑148 (MQ=255) tCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCTGCCAAAAATATAGATaa < 1:463047/148‑1 (MQ=255) cAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATaaa < 1:2991219/148‑1 (MQ=255) aGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATaaaa > 1:800689/1‑148 (MQ=255) gttgaTTTTATATGGCGGGTTAAAGATTTTTTTTGATGGGCGTTTCAGTGAGTGGTAAATAATTAATTGGTATCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGATTAATTTATTGATGTTGACTTTCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAAt < 2:2834849/145‑1 (MQ=255) ggAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAAt > 1:1266405/1‑148 (MQ=255) ggAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAAt < 1:1716254/148‑1 (MQ=255) ggAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAAt > 1:1265823/1‑148 (MQ=255) gagaTTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATg < 1:2804860/148‑1 (MQ=255) agaTTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCTGCCAAAAATATAGATAAAATGt > 2:2434012/1‑148 (MQ=255) 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ggTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCAt < 2:116726/148‑1 (MQ=255) aGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCtg < 1:50698/148‑1 (MQ=255) aGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCtg > 1:2483422/1‑148 (MQ=255) ttttGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGa < 2:1134284/148‑1 (MQ=255) ggCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAGTGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTc < 2:1494537/148‑1 (MQ=255) gCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCTGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTcc < 1:1036266/148‑1 (MQ=255) gCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTcc < 1:1804567/148‑1 (MQ=255) gCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTcc < 2:915797/148‑1 (MQ=255) cGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTccc < 2:2488024/148‑1 (MQ=255) cGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTccc < 1:707745/148‑1 (MQ=255) ttCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCctgg > 2:248517/1‑148 (MQ=255) ttCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCctgg > 2:2783180/1‑148 (MQ=255) ttCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCctgg < 2:577085/148‑1 (MQ=255) cAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCctggct < 2:463927/148‑1 (MQ=255) tGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCCTGGCTGGAACGc > 2:439010/1‑148 (MQ=255) tAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCCTGGCTGGAACGCTTa > 2:1027935/1‑148 (MQ=255) tAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCCTGGCTGGAACGCTTa < 2:1658112/148‑1 (MQ=255) aaaCATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCCTGGCTGGAACGCTTaaa > 2:3232486/1‑148 (MQ=255) aaCATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCCTGGCTGGAACGCTTAAat > 2:1866939/1‑148 (MQ=255) ttAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTCCCCTGGCTGGAACGCTTAAatgatg > 2:202132/1‑148 (MQ=255) 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cAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCCTGGCTGGAACGCTTAAATGATGCTTCATACAGt < 2:568562/148‑1 (MQ=255) cAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCCTGGCTGGAACGCTTAAATGATGCTTCATACAGt > 1:1079008/1‑148 (MQ=255) cAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCCTGGCTGGAACGCTTAAATGATGCTTCATACAGt > 1:2139332/1‑148 (MQ=255) cAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCCTGGCTGGAACGCTTAAATGATGCTTCATACAGt > 1:474856/1‑148 (MQ=255) aGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCCTGGCTGGAACGCTTAAATGATGCTTCATACAGTCt > 1:1774567/1‑148 (MQ=255) 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gATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCCTGGCTGGAACGCTTAAATGATGCTTCATACAGTCTTTATAAAAAGAATGAAACAGGATTTATTGTCt < 2:2090726/148‑1 (MQ=255) ggTGACGATCTTCATCCTGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCCTGGCTGGAACGCTTAAATGATGCTTCATACAGTCTTTATAAAAAGAATGAAACAGGATTTATTGTCTGtt < 2:2292130/148‑1 (MQ=255) ggTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCCTGGCTGGAACGCTTAAATGATGCTTCATACAGTCTTTATAAAAAGAATGAAACAGGATTTATTGTCTGtt < 2:1281206/148‑1 (MQ=255) gTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCCTGGCTGGAACGCTTAAATGATGCTTCATACAGTCTTTATAAAAAGAATGAAACAGGATTTATTGTCTGTtc < 1:2074816/148‑1 (MQ=255) tGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCCTGGCTGGAACGCTTAAATGATGCTTCATACAGTCTTTATAAAAAGAATGAAACAGGATTTATTGTCTGTtca > 1:596379/1‑148 (MQ=255) aCGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCCTGGCTGGAACGCTTAAATGATGCTTCATACAGTCTTTATAAAAAGAATGAAACAGGATTTATTGTCTGTtcatc < 2:539397/148‑1 (MQ=255) gATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCCTGGCTGGAACGCTTAAATGATGCTTCATACAGTCTTTATAAAAAGAATGAAACAGGATTTATTGTCTGTTcatcat < 1:2235318/148‑1 (MQ=255) cTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCCTGGCTGGAACGCTTAAATGATGCTTCATACAGTCTTTATAAAAAGAATGAAACAGGATTTATTGTCTGTTCATCATTaa > 2:84253/1‑148 (MQ=255) tCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCCTGGCTGGAACGCTTAAATGATGCTTCATACAGTCTTTATAAAAAGAATGAAACAGGATTTATTGTCTGTTCATCATTaaaa > 1:2715484/1‑148 (MQ=255) aTCCTGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCCTGGCTGGAACGCTTAAATGATGCTTCATACAGTCTTTATAAAAAGAATGAAACAGGATTTATTGTCTGTTCATCATTaaaaaa < 1:2578390/148‑1 (MQ=255) 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aGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCCTGGCTGGAACGCTTAAATGATGCTTCATACAGTCTTTATAAAAAGAATGAAACAGGATTTATTGTCTGTTCATCATTAAAAAAACAg > 2:1984714/1‑148 (MQ=255) | CAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCAAAAATATAGATAAAATGTCGCAGGGTATTCCATTATCTGATGAAGATCGACTTCCCTGGCTGGAACGCTTAAATGATGCTTCATACAGTCTTTATAAAAAGAATGAAACAGGATTTATTGTCTGTTCATCATTAAAAAAACAG > CP009273/4484410‑4484703 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |