| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,487,509 | G→T | 8.5% | pseudogene (1018/1266 nt) | intB → | pseudogene, integrase homology;IS, phage, Tn; Phage‑related functions and prophages; KpLE2 phage‑like element; P4‑like integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,487,509 | 0 | G | T | 8.5% | 703.2 / 27.8 | 200 | pseudogene (1018/1266 nt) | intB | pseudogene, integrase homology;IS, phage, Tn; Phage‑related functions and prophages; KpLE2 phage‑like element; P4‑like integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (115/68); new base T (10/7); total (125/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
CTTGCAATTTTAAAGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAAC > CP009273/4487362‑4487653 | ctTGCAATTTTAAAGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTtgtg > 1:698563/1‑148 (MQ=255) gCAATTTTAAAGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTc > 1:378324/1‑148 (MQ=255) ttttAAAGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATgg < 1:3214325/148‑1 (MQ=255) ttttAAAGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATgg < 2:1620795/148‑1 (MQ=255) tttAAAGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGTTTTGTGGTCATGGc > 1:715389/1‑148 (MQ=255) tAAAGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCtt < 2:1643717/148‑1 (MQ=255) aaaGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCttt < 2:2776358/148‑1 (MQ=255) cAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGaa < 1:238250/148‑1 (MQ=255) cAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGaa < 1:2932182/148‑1 (MQ=255) gATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACa < 2:2374244/148‑1 (MQ=255) tAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAAt < 2:2632764/148‑1 (MQ=255) aCAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGcc > 1:2096922/1‑148 (MQ=255) aCAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGcc > 1:2867922/1‑148 (MQ=255) aCAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGc > 2:1295288/1‑147 (MQ=255) cAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCt > 2:2962005/1‑148 (MQ=255) ttttATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTTGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTa > 1:470336/1‑148 (MQ=255) ttttATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTa > 1:1099575/1‑148 (MQ=255) ttttATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTa < 2:2134558/148‑1 (MQ=255) tttATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAg > 2:1708871/1‑148 (MQ=255) ttATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGt < 1:210499/148‑1 (MQ=255) ttATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGt > 2:258824/1‑148 (MQ=255) tATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGtt > 1:1293197/1‑148 (MQ=255) tGGGGCCCATGACTTGATATTTCTTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCa < 1:2967130/148‑1 (MQ=255) gggCCCATGACTTGATATTTATTGGAGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGATACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTTGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCAtt > 2:1071648/1‑148 (MQ=255) cATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCg > 2:583809/1‑148 (MQ=255) tGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGaa < 2:3049691/148‑1 (MQ=255) gACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAAt > 2:2658163/1‑148 (MQ=255) aCTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATc > 1:1173965/1‑148 (MQ=255) cTTGATTTTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGTTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACATTGGCCTGTTGTTCATTGGTCGAATCa < 2:2404100/148‑1 (MQ=255) cTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCa < 2:3200187/148‑1 (MQ=255) tGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAgg > 2:1989425/1‑148 (MQ=255) atatTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTc > 1:59732/1‑148 (MQ=255) atatTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTc > 1:59483/1‑148 (MQ=255) ttattGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCtgtg < 2:1558713/148‑1 (MQ=255) attGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGt > 2:275873/1‑148 (MQ=255) attGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGt > 1:1692370/1‑148 (MQ=255) attGGTGATCACGAGTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCATGTCTGTGGt < 2:3119647/148‑1 (MQ=255) ttGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGtc < 2:244381/148‑1 (MQ=255) tGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTTGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCtg > 2:159168/1‑142 (MQ=255) tGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGtct < 2:3255318/148‑1 (MQ=255) aTCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGa > 1:2286398/1‑148 (MQ=255) tCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGAt > 2:2154642/1‑148 (MQ=255) tCACGATTCGCACAAAACCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGATACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGTCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGag > 2:23325/1‑147 (MQ=255) aCGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGc < 1:3299259/148‑1 (MQ=255) aCGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGc > 2:2603824/1‑148 (MQ=255) agtCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGt < 1:879057/146‑1 (MQ=255) aTTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGt > 2:167758/1‑148 (MQ=255) aTTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGt > 1:1886104/1‑148 (MQ=255) cGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGa < 1:2298499/148‑1 (MQ=255) gCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAAGGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGaa < 2:746770/148‑1 (MQ=255) cacaAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAAc > 1:1769402/1‑148 (MQ=255) caAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGt > 1:181141/1‑148 (MQ=255) caAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGt > 2:1923232/1‑148 (MQ=255) caAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGt > 1:462886/1‑148 (MQ=255) aaaCCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTc < 1:3006115/148‑1 (MQ=255) aaCCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCa > 1:2771951/1‑148 (MQ=255) aCCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAg > 2:1333404/1‑148 (MQ=255) aCCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAg > 2:464887/1‑148 (MQ=255) aCCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAg > 2:3250085/1‑148 (MQ=255) cATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTTGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATg > 2:1176656/1‑148 (MQ=255) tgagtgagAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAg > 2:375853/1‑148 (MQ=255) gagtgagAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGc < 1:1646097/148‑1 (MQ=255) gagtgagAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGc > 1:1837563/1‑148 (MQ=255) gagtgagAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGc > 1:2499480/1‑148 (MQ=255) gagtgagAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGc < 1:251375/148‑1 (MQ=255) tgagAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCcac > 2:3192389/1‑148 (MQ=255) tgagAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCcac > 2:1848131/1‑148 (MQ=255) tgagAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCcac > 1:2023452/1‑148 (MQ=255) gagaATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCcaca < 1:1795601/148‑1 (MQ=255) gagaATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCcaca > 2:2535844/1‑148 (MQ=255) aaTACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATgg > 2:1421173/1‑148 (MQ=255) aaTACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGACGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATgg < 1:769523/148‑1 (MQ=255) aCGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGgcgc > 1:1311454/1‑148 (MQ=255) tAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGaaa > 1:2665770/1‑148 (MQ=255) tAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCa > 1:2622860/1‑148 (MQ=255) tAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCa < 1:489308/148‑1 (MQ=255) tAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCa < 1:3071797/148‑1 (MQ=255) aGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTTGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAg < 2:248812/148‑1 (MQ=255) aGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAg < 1:332992/148‑1 (MQ=255) tGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTg > 2:1901125/1‑148 (MQ=255) ggTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCcgcg > 2:547867/1‑148 (MQ=255) ggTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCcgcg > 2:1339148/1‑148 (MQ=255) ggTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCcgcg > 2:3099634/1‑148 (MQ=255) ggTCATGGCGTATCATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCAAGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGACTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGTCGAGAAATTCAGTGAGGGCcgcg > 2:2987636/1‑148 (MQ=255) gTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGt < 2:1388635/148‑1 (MQ=255) gTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAAAGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGt > 2:2046554/1‑148 (MQ=255) tGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTatat > 1:1628589/1‑148 (MQ=255) gggTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATcc > 2:2253619/1‑148 (MQ=255) gTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCAt < 1:864769/148‑1 (MQ=255) tATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTTGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATa > 1:185320/1‑148 (MQ=255) tATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTTGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATa > 1:185435/1‑148 (MQ=255) gATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAg > 2:2975725/1‑148 (MQ=255) aTACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGc > 1:2140877/1‑148 (MQ=255) tACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCa > 2:1441435/1‑148 (MQ=255) aCAAAAGTAGAGGTTTGTTGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCag < 2:212200/148‑1 (MQ=255) aaaGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGc < 1:258824/148‑1 (MQ=255) aaGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCa > 1:2600213/1‑148 (MQ=255) tAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCt > 1:1493493/1‑148 (MQ=255) gagGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTgg > 1:1398227/1‑148 (MQ=255) agGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGga < 2:698515/148‑1 (MQ=255) | CTTGCAATTTTAAAGCAGATAAAACAGTTTTATGGGGCCCATGACTTGATATTTATTGGTGATCACGATTCGCACAAACCCATGAGTGAGAATACGGTAAATAGTGCGTTACGGGTCATGGGGTATGATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAAC > CP009273/4487362‑4487653 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |