Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,493,435 | T→C | 93.2% | intergenic (‑187/‑440) | insG ← / → yjhB | IS4 transposase/putative transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,493,435 | 0 | T | C | 93.2% | 731.5 / 27.0 | 207 | intergenic (‑187/‑440) | insG/yjhB | IS4 transposase/putative transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/8); new base C (98/95); total (104/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.19e-01 |
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
GCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGACTACGAAAA > CP009273/4493292‑4493582 | gCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGATc < 1:1711330/148‑1 (MQ=255) gCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTCGATc > 1:2485470/1‑148 (MQ=255) ccACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTCGATCt > 1:3153632/1‑148 (MQ=255) ccACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTCGATCt > 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aTCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTCGATCTGGTATaa > 1:2400799/1‑148 (MQ=255) gTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTCGATCTGGTATAACAgg < 2:148049/148‑1 (MQ=255) aCTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTCGATCTGGTATAACAGGtata > 2:2933248/1‑148 (MQ=255) aCTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTCGATCTGGTATAACAGGtata > 2:2657984/1‑148 (MQ=255) tCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGt < 1:2617250/148‑1 (MQ=255) 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tATGTGGATTGCTTGTTTTTCGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCa < 1:1384743/148‑1 (MQ=255) aTGTGGATTGCTTGTTTTTCGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCaa < 1:2933248/148‑1 (MQ=255) gtgGATTGCTTGTTTTTCGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAAcc < 2:1502389/148‑1 (MQ=255) gATTGCTTGTTTTTCGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGa < 1:1814298/148‑1 (MQ=255) aTTGCTTGTTTTTCGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGaa > 1:2016409/1‑148 (MQ=255) aTTGCTTGTTGTTCGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGaa < 2:2516590/148‑1 (MQ=255) tGCTTGTTTTTCGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACg < 2:2588647/148‑1 (MQ=255) ttGTTTTTCGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGAc > 2:254070/1‑148 (MQ=255) gTTTTTCGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGACTa < 2:1644657/148‑1 (MQ=255) tttcGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGACTACGa > 1:101571/1‑148 (MQ=255) tGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGACTACGaaaa < 1:816909/148‑1 (MQ=255) | GCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGACTACGAAAA > CP009273/4493292‑4493582 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |