| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,519,134 | C→A | 6.4% | L309L (CTG→CTT) | sgcC ← | putative PTS system EIIC permease component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 4,519,134 | 0 | C | A | 6.4% | 631.4 / 14.7 | 170 | L309L (CTG→CTT) | sgcC | putative PTS system EIIC permease component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (77/82); new base A (4/7); total (81/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
GATGACCCCGCTTATCAACGTCCTGACCAGGTCTCCGCGGTGGATAACCGTAGCCATACAGATAAAGAACGGTGCTACCGGCAGGTCTGCGAGGGGTAACACTTTGTTGCCCGGTAAAATGCTGGCCAGAATTAACATAATGGGTATCAGTAGCAGACCGACAGCAATGGTGGTTGGATGCCCCAGCGTCACAGCAGTATCCAGACCGATATACACTTCACGTCCTTTGAAATATTTCTGGAAGAACTTTCTTGCACCGTCGGAGATGGGCAGCAGGCCCTCAACAATCAGGCGG > CP009273/4518987‑4519281 | gATGACCCCGCTTATCAACGTCCTGACCAGGTCTCCGCGGTGGATAACCGTAGCCATACAGATAAAGAACGGTGCTACCGGCAGGTCTGCGAGGGGTAACACTTTGTTGCCCGGTAAAATGCTGGCCAGAATTAACATAATGGGTATc < 2:980168/148‑1 (MQ=255)gATGACCCCGCTTATCAACGTCCTGACCAGGTCTCCGCGGTGGATAACCGTAGCCATACAGATAAAGAACGGTGCTACCGGCAGGTCTGCGAGGGGTAACACTTTGTTGCCCGGTAAAATGCTGGCCAGAATTAACATAATGGGTATc < 2:1394285/148‑1 (MQ=255) aTGACCCCGCTTATCAACGTCCTGACCAGGTCTCCGCGGTGGATAACCGTAGCCATACAGATAAAGAACGGTGCTACCGGCAGGTCTGCGAGGGGTAACACTTTGTTGCCCGGTAAAATGCTGGCCAGAATTAACATAATGGGTATCa < 2:1626885/148‑1 (MQ=255) aTGACCCCGCTTATCAACGTCCTGACCAGGTCTCCGCGGTGGATAACCGTAGCCATACAGATAAAGAACGGTGCTACCGGCAGGTCTGCGAGGGGTAACACTTTGTTGCCCGGTAAAATGCTGGCCAGAATTAACATAATGGGTATCa 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |