Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,558,625 | G→T | 9.7% | intergenic (‑289/‑190) | mdtM ← / → yjiP | multidrug efflux system protein/pseudogene, transposase_31 family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,558,625 | 0 | G | T | 9.7% | 693.1 / 32.7 | 200 | intergenic (‑289/‑190) | mdtM/yjiP | multidrug efflux system protein/pseudogene, transposase_31 family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (91/89); new base T (10/10); total (101/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
CACAGACAGAGAAATACTTTCTGACTTCGGGTCAGAATGTATAACGATTACAAATAGTCATCAGCACATTACACCTCTTGAATTGATGGGTTGCATAGAAAATATACACCTTAAGTGTAATTAAAATTTGCGGTTAATCAAAAGAGCGCGGTGGAAAGGGGAATATCTGCCGGGTACAGGACATGTAAAACGCGAGCTTGTTTCCGGAAAAATGTATCGTTTGCAGAAGAATAAAAATAGCCTGGAAAGCGCCTCGGGGAATGGGAAATTGCCGGGTGAGAATGGTTTTGTTAGT > CP009273/4558478‑4558772 | cagacagaGAAATACTTTCTGACTTCGGGTCAGAATGTATAACGATTACAAATAGTCATCAGCACATTACACCTCTTGAATTGATGGGTTGCATAGAAAATATACACCTTAAGTGTAATTAAAATTTGCGGTTAATCAAAAGAGcgcg < 1:3146931/148‑1 (MQ=255) cagacagaGAAATACTTTCTGACTTCGGGTCAGAATGTATAACGATTACAAATAGTCATCAGCACATTACACCTCTTGAATTGATGGGTTGCATAGAAAATATACACCTTAAGTGTAATTAAAATTTGCGGTTAATCAAAAGAGcgcg > 2:1550802/1‑148 (MQ=255) agacagaGAAATACTTTCTGACTTCGGGTCAGAATGTATAACGATTACAAATAGTCATCAGCACATTACACCTCTTGAATTGATGGGTTGCATAGAAAATATACACCTTAAGTGTAATTAAAATTTGCGGTTAATCAAAAGAGCGCgg < 1:1031519/148‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |