| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,562,043 | C→A | 100% | intergenic (+311/‑188) | yjiS → / → yjiT | DUF1127 family protein/pseudogene |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,562,043 | 0 | C | A | 99.6% | 787.8 / ‑4.3 | 235 | intergenic (+311/‑188) | yjiS/yjiT | DUF1127 family protein/pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base A (115/119); total (115/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
ACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATCAGGTGATAAATGAGTTGTGATTAATAGATGGTTGATATCATTTTTATCTAAAATTGATTTATAGTATCGACCTGAAAAAATAGTTGTTGCCGCCTGAGTAACTATACAATATTCTGAAAGGTTTTCTTTCAAATTAGAAATGTT > CP009273/4561898‑4562187 | cTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAgg > 2:97188/1‑148 (MQ=255) gtgtTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAGGTGa > 2:2463578/1‑148 (MQ=255) gtgtTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAGGTGa < 1:1714923/148‑1 (MQ=255) tttGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAGGTGATAAATg < 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tcATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAGGTGATAAATGAGTTGTGATTAATAGATGGt < 1:1824446/148‑1 (MQ=255) cATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAGGTGATAAATGAGTTGTGATTAATAGATGGtt < 2:793400/148‑1 (MQ=255) tattCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAGTTGATAAATGAGTTGTGATTAATAGATGGTTGat < 1:243387/148‑1 (MQ=255) tattCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAGGTGATAAATGAGTTGTGATTAATAGATGGTTGat > 1:1462694/1‑148 (MQ=255) ttCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAGGTGATAAATGAGTTGTGATTAATAGATGGTTGatat > 2:2168432/1‑148 (MQ=255) 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tttCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAGGTGATAAATGAGTTGTGATTAATAGATGGTTGATATCATTTTTATCTaaaa > 1:1574332/1‑148 (MQ=255) tttCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAGGTGATAAATGAGTTGTGATTAATAGATGGTTGATATCATTTTTATCTaaaa < 1:1320310/148‑1 (MQ=255) ttCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAGGTGATAAATGAGTTGTGATTAATAGATGGTTGATATCATTTTTATCTAAAAt > 2:2629431/1‑148 (MQ=255) ctctAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAGGTGATAAATGAGTTGTGATTAATAGATGGTTGATATCATTTTTATCTAAAATTg < 2:2098522/148‑1 (MQ=255) tctAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAGGTGATAAATGAGTTGTGATTAATAGATGGTTGATATCATTTTTATCTAAAATTGa < 2:577800/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |