Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,563,898 | G→T | 9.2% | pseudogene (163/2937 nt) | yjiV → | pseudogene; conserved hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,563,898 | 0 | G | T | 9.2% | 784.4 / 35.0 | 224 | pseudogene (163/2937 nt) | yjiV | pseudogene; conserved hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (102/101); new base T (12/9); total (114/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.49e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
AAACAGCATTACAGCCAGCAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGGAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTGCAGATTAAAGCACGGTACACCGCTCGACAAAGGCTGGCCCTTTGGCTATGTGTATGTGAACCAGCGACAAAATTGTGACTGTGGAAGCCCTGTATACGAAGTTGCATTCTGTAATGATTGTAATGAGCCTCATCTTCTGGCAC > CP009273/4563751‑4564045 | aaaCAGCATTACAGCCAGCAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGGAATATGGGCTTGTGTTGATAAAg > 2:95174/1‑148 (MQ=255) aaaCAGCATTACAGCCAGCAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGGAATATGGGCTTGTGTTGATAAAg < 1:3270587/148‑1 (MQ=255) aaCAGCATTACAGCCAGCAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGGAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGa < 1:363412/148‑1 (MQ=255) aCAGCATTACAGCCAGCAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGGAATATGGGCTTGTGTTGATAAatat > 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ccagcAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGGAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTGCAGATTAAAg < 1:966994/148‑1 (MQ=255) cagcagGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGGAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTGCAGATTAAAGc < 1:2017495/148‑1 (MQ=255) agcagGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGGAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTGCAGATTAAAGCa < 2:555191/148‑1 (MQ=255) gcagGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGGAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTGCAGATTAAAGCAc > 1:1451798/1‑148 (MQ=255) agGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGGAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTGCAGATTAAAGCACgg > 1:687885/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |