| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,585,646 | C→A | 9.8% | R8L (CGC→CTC) | yjjM ← | yjjMN operon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,585,646 | 0 | C | A | 9.8% | 678.2 / 31.1 | 216 | R8L (CGC→CTC) | yjjM | yjjMN operon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (85/108); new base A (6/16); total (91/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
CGCATTCGCGTAAGTGGCTGAGAATATGACGCACTGTGGTGCGGCTGATGTTGTACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAATTTTGTGAACGACTCATATTTTCCTCCTTGTGAGTCCATTAAAACCCGATTTAAAACATTTTTATGCGTGTGTTTTCACAAAAAAGATTTTCCGTTCCGCTGCCATTTTTCATTTTCATTGATATCTAAGGCAACAAAAAGT > CP009273/4585503‑4585793 | gcATTCGCGTAAGTGGCTGAGAATATGACGCACTGTGGTGCGGCTGATGTTGTACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTaaa > 2:1835912/1‑148 (MQ=255) gcATTCGCGTAAGTGGCTGAGAATATGACGCACTGTGGTGCGGCTGATGTTGTACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTaaa > 1:1776276/1‑148 (MQ=255) aTTCGCGTAAGTGGCTGAGAATATGACGCACTGTGGTGCGGCTGATGTTGTACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAAtt < 2:1874269/148‑1 (MQ=255) ttCGCGTAAGTGGCTGAGAATATGACGCACTGTGGTGCGGCTGATGTTGTACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAAttt > 1:2793711/1‑148 (MQ=255) ttCGCGTAAGTGGCTGAGAATATGACGCACTGTGGTGCGGCTGATGTTGTACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAAttt > 1:1601723/1‑148 (MQ=255) tCGCGTAAGTGGCTGAGAATATGACGCACTGTGGTGCGGCTGATGTTGTACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAAtttt < 2:2160955/148‑1 (MQ=255) cgcgTAAGTGGCTGAGAATATGACGCACTGTGGTGCGGCTGATGTTGTACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAATTTtg < 2:1344953/148‑1 (MQ=255) cgcgTAAGTGGCTGAGAATATGACGCACTGTGGTGCGGCTGATGTTGTACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAATTTtg < 2:2285842/148‑1 (MQ=255) tAAGTGGCTGAGAATATGACGCACTGTGGTGCGGCTGATGTTGTACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAATTTTGTGaa > 1:389196/1‑148 (MQ=255) aaGTGGCTGAGAATATGACGCACTGTGGTGCGGCTGATGTTGTACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAATTTTGTGAAc > 1:1871980/1‑148 (MQ=255) gTGGCTGAGAATATGACGCACTGTGGTGCGGCTGATGTTGTACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAATTTTGTGAACGa > 2:2894699/1‑148 (MQ=255) gTGGCTGAGAATATGACGCACTGTGGTGCGGCTGATGTTGTACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAATTTTGTGAACGa > 2:1007948/1‑148 (MQ=255) tGGCTGAGAATATGACGCACTGTGGTGCGGCTGATGTTGTACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAATTTTGTGAACGAc > 1:1656105/1‑148 (MQ=255) tGAGAATATGACGCACTGTGGTGCGGCTGATGTTGTACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAATTTTGTGAACGACTCat > 2:1503521/1‑148 (MQ=255) gagaATATGACGCACTGTGGTGCGGGTTTTGTTGTACATTGCCGCCAGCGCACTTTGCGTTGGAAGTGGGGATGGTATTTGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCAATTTGGGGCTTAAATTTTGTGCACGACTCata < 1:309963/148‑1 (MQ=255) agaATATGACGCACTGTGGTGCGGCTGATGTTGTACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGTTGGATGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAATTTTGTGAACGACTCatat < 1:2038123/148‑1 (MQ=255) agaATATGACGCACTGTGGTGCGGCTGATGTTGTACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAATTTTGTGAACGACTCatat > 1:919026/1‑148 (MQ=255) aaTATGACGCACTGTGGTGCGGCTGATGTTGTACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAATTTTGTGAACGACTCATAttt > 2:49995/1‑148 (MQ=255) tGACGCAGTGTGGTGGGGCTGTTGTTGTACTTTTCCGCCAGCGCACTTTGCGTTGGATGTGGGTAAGGTATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGTTTAATCACTTTGTGGCTTAATTTTTGTGAACGACTCATATTTtcct < 1:624221/148‑1 (MQ=255) 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tggtgCGGCTGATGTTGTACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAATTTTGTGAACGACTCATATTTTCCTCCTTGTGAGt > 2:1341486/1‑148 (MQ=255) tgCGGCTGATGTTGTACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAATTTTGTGAACGACTCATATTTTCCTCCTTGTGAGTCCa < 2:2644875/148‑1 (MQ=255) ggCTGATGTTGTACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAATTTTGTGAACGACTCATATTTTCCTCCTTGTGAGTCCATTa < 1:1357929/148‑1 (MQ=255) tGATTTTGTACATTTCCGCCAGAGCACTTTGCGATGGAAGTTGTGAAGGGATATGACGCCGCGCCATATCATCAATGACCTGTTTAATCACTTTGTGGCGTAAATTTTGTGAACGACTCATATTTTCCTCCTTGTGAGTCCATTaaaa < 2:1804078/148‑1 (MQ=255) gttgtACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAATTTTGTGAACGACTCATATTTTCCTCCTTGTGAGTCCATTAAAACCCg < 2:1545806/148‑1 (MQ=255) ttgtACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAATTTTGTGAACGACTCATATTTTCCTCCTTGTGAGTCCATTAAAACCCGa > 1:1979494/1‑148 (MQ=255) tgtACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCTTTGGATGTGGGTAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATAAATTACCTGGTTAATCACATTGTGGCTTAAATTTTGTGAACGACTCATATTTTCCTCCTTGTGAGTCCATTAAAACCCGAt < 1:1226929/148‑1 (MQ=255) tgtACATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAATTTTGTGAACGACTCATATTTTCCTCCTTGTGAGTCCATTAAAACCCGAt < 1:245150/148‑1 (MQ=255) aCATTTCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAATTTTGTGAACGACTCATATTTTCCTCCTTGTGAGTCCATTAAAACCCGATTTa > 1:2171749/1‑148 (MQ=255) tttCCGCCAGCGCACTTTGCGATGGAAGTGGGGAAGGGATATGACCCCGCGCCATATCATCAATGACCTGGTTAATCACATTGTGGCGTAAATTTTGTGAACGACTCATATTTTCCTCCTTGTGAGTCCATTAAAACCCGATTTaaaa < 2:3042459/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |