| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 389,284 | G→T | 5.3% | pseudogene (859/1449 nt) | yaiT → | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 389,284 | 0 | G | T | 5.3% | 645.1 / 10.9 | 168 | pseudogene (859/1449 nt) | yaiT | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (83/76); new base T (6/3); total (89/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
GCACCATCAACTATGATCAGGATGTTAACGGCATCATGGTCGGTGTTGATACCAAAATTGACGGTAACAACGCTAAGTGGATCGTCGGTGCGGCTGCAGGCTTCGCTAAAGGTGACATGAATGACCGTTCTGGTCAGGTGGATCAAGACAGCCAGACTGCCTACATCTACTCTTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACG > CP009273/389138‑389431 | cACCATCAACTATGATCAGGATGTTAACGGCATCATGGTCGGTGTTGATACCAAAATTGACGGTAACAACGCTAAGTGGATCGTCGGTGCGGCTGCAGGCTTCGCTAAAGGTGACATGAATGACCGTTCTGGTCAGGTGGATCAAGAc > 2:2488375/1‑148 (MQ=255) aTCAACTATGATCAGGATGTTAACGGCATCATGGTCGGTGTTGATACCAAAATTGACGGTAACAACGCTAAGTGGATCGTCGGTGCGGCTGCAGGCTTCGCTAAAGGTGACATGAATGACCGTTCTGGTCAGGTGGATCAAGACAGcc < 1:516349/148‑1 (MQ=255) aTCAACTATGATCAGGATGTTAACGGCATCATGGTCGGTGTTGATACCAAAATTGACGGTAACAACGCTAAGTGGATCGTCGGTGCGGCTGCAGGCTTCGCTAAAGGTGACATGAATGACCGTTCTGGTCAGGTGGATCAAGACAGcc < 1:3053878/148‑1 (MQ=255) tCAACTATGATCAGGATGTTAACGGCATCATGGTCGGTGTTGATACCAAAATTGACGGTAACAACGCTAAGTGGATCGTCGGTGCGGCTGCAGGCTTCGCTAAAGGTGACATGAATGACCGTTCTGGTCAGGTGGATCAAGACAGCCa < 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gaCCGTTCTGGTCAGGTGGATCAAGACAGCCAGACTGCCTACATCTACTCTTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACg < 1:2699977/148‑1 (MQ=255) gaCCGTTCTGGTCAGGTGGATCAAGACAGCCAGACTGCCTACATCTACTCTTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACg < 1:3066907/148‑1 (MQ=255) gaCCGTTCTGGTCAGGTGGATCAAGACAGCCAGACTGCCTACATCTACTCTTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACg > 2:1432009/1‑148 (MQ=255) gaCCGTTCTGGTCAGGTGGATCAAGACAGCCAGACTGCCTACATCTACTCTTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACg < 1:2402534/148‑1 (MQ=255) aCCGTTCTGGTCAGGTGGATCAAGACAGCCAGACTGCCTACATCTACTCTTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGt < 1:1749472/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |