| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 447,160 | G→T | 8.2% | intergenic (‑94/+366) | cyoA ← / ← ampG | cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II/muropeptide transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 447,160 | 0 | G | T | 8.2% | 763.9 / 27.9 | 218 | intergenic (‑94/+366) | cyoA/ampG | cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II/muropeptide transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (115/85); new base T (10/8); total (125/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
GCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGAAATAAAACAA > CP009273/447013‑447307 | gCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTg < 2:1901630/148‑1 (MQ=255)gCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTg < 1:2836504/148‑1 (MQ=255)gCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTg < 2:265974/148‑1 (MQ=255) aataatGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTg > 2:1026648/1‑148 (MQ=255) taatGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGa > 2:211501/1‑148 (MQ=255) taatGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGa > 2:1225292/1‑148 (MQ=255) aatGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGAt > 1:1899722/1‑148 (MQ=255) gACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGAATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTg > 2:1980953/1‑148 (MQ=255) aCAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTgg < 1:964478/148‑1 (MQ=255) cAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGc > 2:176160/1‑148 (MQ=255) aCCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTg > 2:2851435/1‑148 (MQ=255) aTCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCa < 2:2057851/148‑1 (MQ=255) tCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAg > 2:340969/1‑148 (MQ=255) cAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTc < 2:831002/148‑1 (MQ=255) aaaCTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTca > 1:1041358/1‑148 (MQ=255) aaaCTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTca > 2:2988332/1‑148 (MQ=255) aaaCTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTca < 2:182562/148‑1 (MQ=255) aaCTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACAATATTAAATTACAGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTcac > 1:2798164/1‑148 (MQ=255) aCTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTcaca > 1:1676585/1‑148 (MQ=255) aCTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTcaca > 1:152989/1‑148 (MQ=255) cTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGATCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACat < 2:2328309/148‑1 (MQ=255) cTTTTAGTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGATCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACat < 2:667820/148‑1 (MQ=255) ttATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATg > 1:2432690/1‑148 (MQ=255) ttATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATg < 1:2551666/148‑1 (MQ=255) tATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGt > 1:435839/1‑148 (MQ=255) tGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGc > 1:410782/1‑148 (MQ=255) ttCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAAc > 2:1356747/1‑148 (MQ=255) ttCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAAc > 2:3115397/1‑148 (MQ=255) tGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTTTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACatat > 1:2100987/1‑148 (MQ=255) tGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTTTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACatat < 2:2572599/148‑1 (MQ=255) gAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATc < 1:1809377/148‑1 (MQ=255) aGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTTTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCa < 2:1171512/148‑1 (MQ=255) ctcATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGt > 1:2136296/1‑148 (MQ=255) ctcATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGt > 2:287049/1‑148 (MQ=255) tcATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTTTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGtt > 2:48008/1‑148 (MQ=255) cATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTg > 1:431063/1‑148 (MQ=255) aTTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGa > 1:2861811/1‑148 (MQ=255) aTTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTACTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGa > 1:1211907/1‑148 (MQ=255) tttAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTTTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGAt > 2:759616/1‑148 (MQ=255) tAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGAttt < 1:508533/148‑1 (MQ=255) aCGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTTTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTa > 1:1488173/1‑148 (MQ=255) aCGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTTTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTa > 1:703257/1‑148 (MQ=255) cGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACATGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTaa > 2:2023033/1‑148 (MQ=255) cGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTACTGTTACTTGGATTTTGCTGCCAGGTCACATATGTTTCAAAAAATATCAGGTTGATTTTaa > 1:1182307/1‑148 (MQ=255) cTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTaagaag < 1:646509/148‑1 (MQ=255) tCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGc < 1:186572/148‑1 (MQ=255) aTTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGt < 2:777951/148‑1 (MQ=255) ttCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGtt > 1:635314/1‑148 (MQ=255) tCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTg < 1:2295202/148‑1 (MQ=255) tCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTAAGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTACTGTTAATTGGATTTTGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATAAGGTTGATTTTAATAAGCTGTTg > 1:303191/1‑148 (MQ=255) aCGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCaa > 2:2435896/1‑148 (MQ=255) cGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAATCTGTTGCaaa > 1:2609726/1‑148 (MQ=255) gATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAATCTGTTGCAAAAgg > 2:2503760/1‑148 (MQ=255) gATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAgg > 2:1044199/1‑148 (MQ=255) tggtggCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGt < 2:1975760/148‑1 (MQ=255) ggtggCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGtt < 1:484613/148‑1 (MQ=255) ggtggCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGtt < 1:2147162/148‑1 (MQ=255) ggCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTtata < 2:631218/148‑1 (MQ=255) gcttttAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATaa < 2:1486752/145‑1 (MQ=255) gtgtgGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAg < 1:211402/148‑1 (MQ=255) gtgtgGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAg < 1:1225292/148‑1 (MQ=255) gtgGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTg < 2:109483/148‑1 (MQ=255) gtgGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTg < 1:1455677/148‑1 (MQ=255) gtgGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTg < 2:902194/148‑1 (MQ=255) ggCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTg > 1:1218916/1‑148 (MQ=255) cATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTTTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGaa < 2:703257/148‑1 (MQ=255) tACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGt > 1:323750/1‑148 (MQ=255) gAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTggg > 2:239229/1‑148 (MQ=255) aGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTgggcg > 1:230013/1‑148 (MQ=255) ggTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTgggcgg > 1:839584/1‑148 (MQ=255) ttACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTgggcgggc > 2:1564839/1‑148 (MQ=255) tACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTTTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCa > 2:1167992/1‑148 (MQ=255) cATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTTTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAAt < 2:1597116/148‑1 (MQ=255) cATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAAt > 1:360747/1‑148 (MQ=255) cATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAAt > 1:2365952/1‑148 (MQ=255) aTTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAAtt < 1:1849049/148‑1 (MQ=255) ttACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTg > 2:2482746/1‑148 (MQ=255) tACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTgg > 1:1837497/1‑148 (MQ=255) tACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTgg < 1:1861427/148‑1 (MQ=255) tACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTgg > 2:3298767/1‑148 (MQ=255) aCTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGt > 1:2737555/1‑148 (MQ=255) cTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGta > 1:263806/1‑148 (MQ=255) tGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGtat > 2:2204893/1‑148 (MQ=255) gTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGtata > 1:1926927/1‑148 (MQ=255) tAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATaa > 1:915196/1‑148 (MQ=255) aCATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCa < 2:1342600/148‑1 (MQ=255) aCATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCa > 2:226151/1‑148 (MQ=255) cATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCaa < 1:1115852/148‑1 (MQ=255) aTGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAAt > 2:37143/1‑148 (MQ=255) aTGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAAt < 2:2113996/148‑1 (MQ=255) tAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGaa > 1:766649/1‑148 (MQ=255) aaaTTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGaaa < 1:2665898/148‑1 (MQ=255) aaTTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGAAAt > 1:3214056/1‑148 (MQ=255) tCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAATCATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGAAATaaa > 2:2256485/1‑148 (MQ=255) tCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGAAATaaa < 1:1618103/148‑1 (MQ=255) ccTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGAAATaaaa < 1:2031360/148‑1 (MQ=255) tGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGAAATAAAACa < 2:1183144/148‑1 (MQ=255) tGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGAAATAAAACa > 1:1305977/1‑148 (MQ=255) tGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGAAATAAAACa < 2:1419655/148‑1 (MQ=255) gTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGAAATAAAACaa < 1:3014321/148‑1 (MQ=255) | GCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGGAGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGAAATAAAACAA > CP009273/447013‑447307 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |