| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 56,677 | G→T | 100% | R145S (CGC→AGC) | lptD ← | LPS assembly OM complex LptDE, beta‑barrel component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 56,677 | 0 | G | T | 100.0% | 563.8 / NA | 171 | R145S (CGC→AGC) | lptD | LPS assembly OM complex LptDE, beta‑barrel component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (78/93); total (78/93) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
TCTTCGCGGTCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGAGCGCATCAACGGTACGTACCGGCTCCGGTTGTCC > CP009273/56532‑56824 | tcttcGCGGTCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTCAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTAc > 2:1868833/1‑148 (MQ=255)tcttcGCGGTCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTAc > 1:2796284/1‑148 (MQ=255)tcttcGCGGTCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTAc > 1:2212289/1‑148 (MQ=255) tCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCt > 1:2065004/1‑148 (MQ=255) tCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCt > 1:809915/1‑148 (MQ=255) cATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTg < 2:1359457/148‑1 (MQ=255) cATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTg > 1:156785/1‑148 (MQ=255) gAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTa > 1:2449076/1‑148 (MQ=255) aatTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCa < 1:57493/148‑1 (MQ=255) aatTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCa < 1:1732755/148‑1 (MQ=255) atTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCAc < 1:2434505/148‑1 (MQ=255) tttCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCAcc < 1:128600/148‑1 (MQ=255) ttCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCt < 2:2790680/148‑1 (MQ=255) gcgacctaccACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTcc < 2:1317921/145‑1 (MQ=255) gCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTcc > 2:562824/1‑148 (MQ=255) cctaccACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGa < 2:1699196/148‑1 (MQ=255) cctaccACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGa < 2:1699044/148‑1 (MQ=255) taccACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACg > 1:48780/1‑148 (MQ=255) taccACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACg < 2:1270282/148‑1 (MQ=255) 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aGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCttt < 1:1591942/148‑1 (MQ=255) tgtCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGgt < 1:2239752/148‑1 (MQ=255) gtCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGgtg < 2:2562220/148‑1 (MQ=255) gtCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGgtg < 2:908812/148‑1 (MQ=255) tCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGgtgt > 2:2250690/1‑148 (MQ=255) tCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGgtgt < 2:387471/148‑1 (MQ=255) cAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGtt < 1:537803/148‑1 (MQ=255) aCCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGa < 2:968029/148‑1 (MQ=255) cccGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTGATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGAt < 2:1992695/148‑1 (MQ=255) ccGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGAtt < 1:1869657/148‑1 (MQ=255) ccGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATATGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGAtt < 1:198679/148‑1 (MQ=255) cAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGcc < 2:815085/148‑1 (MQ=255) cAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGcc < 2:2473929/148‑1 (MQ=255) gACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCa > 1:1981209/1‑148 (MQ=255) cAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGc > 2:2944170/1‑148 (MQ=255) cAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGc > 1:1694406/1‑148 (MQ=255) cAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGc < 1:1764462/148‑1 (MQ=255) aggaggTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGcc < 2:1337192/148‑1 (MQ=255) ggaggTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt < 1:722015/148‑1 (MQ=255) ggaggTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCt < 1:3099019/148‑1 (MQ=255) 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aaGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGcc > 1:78889/1‑148 (MQ=255) aGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGccc < 2:1967296/148‑1 (MQ=255) aGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGccc < 2:1967343/148‑1 (MQ=255) gCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCt < 2:2566333/148‑1 (MQ=255) aCCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg < 1:1596830/148‑1 (MQ=255) ccGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGa < 1:972398/148‑1 (MQ=255) ccGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGa < 1:1071222/148‑1 (MQ=255) ccGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGa < 1:1071208/148‑1 (MQ=255) cGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAg > 2:870787/1‑148 (MQ=255) cGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAg > 2:2441351/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |