Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 517,392 | G→T | 84.9% | A507A (GCG→GCT) | ybbP → | putative ABC transporter permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 517,392 | 0 | G | T | 84.9% | 374.2 / 74.1 | 172 | A507A (GCG→GCT) | ybbP | putative ABC transporter permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/5); new base T (73/73); total (94/78) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
CATTTTCGCTCTCCTTTATGCTGCTGGCACTGCTGCTGGTGTTGCGTGGCGATCTGCTCGACCGCTGGCAGCAGCAGCTACCTCCAGAAAGCCCGAACTACTTTTTAATTAACATCGCCACAGAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCGTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCTTAACCGCGAACTCAATCTTACCTGGCAAAATACGC > CP009273/517247‑517534 | cATTTTCGCTCTCCTTTATGCTGCTGGCACTGCTGCTGGTGTTGCGTGGCGATCTGCTCGACCGCTGGCAGCAGCAGCTACCTCCAGAAAGCCCGAACTACTTTTTAATTAACATCGCCACAGAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCttt > 1:2548096/1‑148 (MQ=255) cATTTTCGCTCTCCTTTATGCTGCTGGCACTGCTGCTGGTGTTGCGTGGCGATCTGCTCGACCGCTGGCAGCAGCAGCTACCTCCAGAAAGCCCGAACTACTTTTTAATTAACATCGCCACAGAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCttt > 2:677696/1‑148 (MQ=255) cATTTTCGCTCTCCTTTATGCTGCTGGCACTGCTGCTGGTGTTGCGTGGCGATCTGCTCGACCGCTGGCAGCAGCAGCTACCTCCAGAAAGCCCGAACTACTTTTTAATTAACATCGCCACAGAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCttt > 2:1107843/1‑148 (MQ=255) aTTTTCGCTCTCCTTTATGCTGCTGGCACTGCTGCTGGTGTTGCGTGGCGATCTGCTCGACCGCTGGCAGCAGCAGCTACCTCCAGAAAGCCCGAACTACTTTTTAATTAACATCGCCACAGAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCTTTc > 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tttCGCTCTCCTTTATGCAGCTGGCACTGCTGCTGGTGTTGCGTGGCGATCTGCTCGACCGCAGGCAGCCGCAGCTAACTCCATAAAGCCCGAACAAATTTTTAATTAAAAACGCCACAGAAAAGTTAGCAACGCAAAAAGCTTTCCt > 1:367297/1‑148 (MQ=255) tcCTTTATGCTGCTGGCACTGCTGCTGGTGTTGCGTGGCGATCTGCTCGACCGCTGGCAGCAGCAGCTACCTCCAGAAAGCCCGAACTACTTTTTAATTAACATCGCCACAGAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCGTTCCTCGCGGAAc > 1:1143441/1‑148 (MQ=255) cTTTATGCTGCTGGCACTGCTGCTGGTGTTGCGTGGCGATCTGCTCGACCGCTGGCAGCAGCAGCTACCTCCAGAAAGCCCGAACTACTTTTTAATTAACATCGCCACAGAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCTTTCCTCGCGGACCAt > 2:2461553/1‑148 (MQ=255) tATGCTGCTGGCACTGCTGCTGGTGTTGCGTGGCGATCTGCTCGACCGCTGGCAGCAGCAGCTACCTCCAGAAAGCCCGAACTACTTTTTAATTAACATCGCCACAGAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCTTTCCTCGCGGAACATCAg < 2:1612809/148‑1 (MQ=255) tgctgcTGGCACTGCTGCTGGTGTTGCGTGGCGATCTGCTCGACCGCTGGCAGCAGCAGCTACCTCCAGAAAGCCCGAACTACTTTTTAATTAACATCGCCACAGAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCTTTCCTCGCGGAACATCAGAt > 1:3238647/1‑148 (MQ=255) 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gCGATCTGCTCGACCGCTGGCAGCAGCAGCTACCTCCAGAAAGCCCGAACTACTTTTTAATTAACATCGCCACAGAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCg < 1:2797512/148‑1 (MQ=255) tCTGCTCGACCGCTGGCAGCAGCAGCTACCTCCAGAAAGCCCGAACTACTTTTTAATTAACATCGCCACAGAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGgcg > 2:1728801/1‑148 (MQ=255) tCTGCTCGACCGCTGGCAGCAGCAGCTACCTCCAGAAAGCCCGAACTACTTTTTAATTAACATCGCCACAGAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGgcg > 2:2400862/1‑148 (MQ=255) tCTGCTCGACCGCTGGCAGCAGCAGCTACCTCCAGAAAGCCCGAACTACTTTTTAATTAACATCGCCACAGAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGgcg > 2:2585615/1‑148 (MQ=255) tCTGCTCGACCGCTGGCAGCAGCAGCTACCTCCAGAAAGCCCGAACTACTTTTTAATTAACATCGCCACAGAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGgcg > 1:2998054/1‑148 (MQ=255) 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tttttAATTAACATCGCCACAGAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAgg < 2:2754391/148‑1 (MQ=255) ttttAATTAACATCGCCACAGAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCGTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGgc > 1:17733/1‑148 (MQ=255) tttAATTAACATCGCCACAGAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGgcg > 1:2280854/1‑148 (MQ=255) tttAATTAACATCGCCACAGAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGgcg > 1:1383291/1‑148 (MQ=255) aattaaCATCGCCACAGAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCtt > 2:1236548/1‑148 (MQ=255) 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ccACAGAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCTTAACCGCGAACt < 1:1268581/148‑1 (MQ=255) acaGAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCTTAACCGCGAACTCa > 2:1948924/1‑148 (MQ=255) caGAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCTTAACCGCGAACTCaa < 2:3106225/148‑1 (MQ=255) gAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCGTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCTTAACCGCGAACTCAATc > 2:2024484/1‑148 (MQ=255) cAGGTAGCACCGCTAAAAGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCTTAACCGCGAACTCAATCTTa < 2:1332811/148‑1 (MQ=255) aGGTAGCACCGCTAAAAGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCTTAACCGCGAACTCAATCTTAc < 2:1411388/148‑1 (MQ=255) gTAGCACCGCTAAAAGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCTTAACCGCGAACTCAATCTTACCt < 1:1760265/148‑1 (MQ=255) tAGCACCGCTAAAAGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCTTAACCGCGAACTCAATCTTACCTg > 2:2802514/1‑148 (MQ=255) tAGCACCGCTAAAAGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCTTAACCGCGAACTCAATCTTACCTg < 1:2104329/148‑1 (MQ=255) tAGCACCGCTAAAAGCGTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCTTAACCGCGAACTCAATCTTACCTg > 1:1395819/1‑148 (MQ=255) tAGCACCGCTAAAAGCGTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCTTAACCGCGAACTCAATCTTACCTg > 1:3039329/1‑148 (MQ=255) gCACCGCTAAAAGCGTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCTTAACCGCGAACTCAATCTTACCTGGc > 2:2642950/1‑148 (MQ=255) gCACCGCTAAAAGCGTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCTTAACCGCGAACTCAATCTTACCTGGc > 1:1444478/1‑148 (MQ=255) ccGCTAAACGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCTTAACCGCGAACTCAATCTTACCTGGCaaa < 2:259193/148‑1 (MQ=255) ccGCTAAAAGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCTTAACCGCGAACTCAATCTTACCTGGCaaa < 2:200109/148‑1 (MQ=255) cGCTAAAAGCGTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCTTAACCGCGAACTCAATCTTACCTGGCaaaa < 2:2904169/148‑1 (MQ=255) gCTAAAAGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCTTAACCGCGAACTCAATCTTACCTGGCAAAAt < 2:2548096/148‑1 (MQ=255) cTAAAAGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCTTAACCGCGAACTCAATCTTACCTGGCAAAATa > 2:414744/1‑148 (MQ=255) cTAAAAGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCTTAACCGCGAACTCAATCTTACCTGGCAAAATa < 2:2646207/148‑1 (MQ=255) aaaGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTTGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCTTAACCGCGAACTCAATCTTACCTGGCAAAATAcgc < 2:367297/148‑1 (MQ=255) aaaGCTTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCTTAACCGCGAACTCAATCTTACCTGGCAAAATAcgc > 2:2388817/1‑148 (MQ=255) | CATTTTCGCTCTCCTTTATGCTGCTGGCACTGCTGCTGGTGTTGCGTGGCGATCTGCTCGACCGCTGGCAGCAGCAGCTACCTCCAGAAAGCCCGAACTACTTTTTAATTAACATCGCCACAGAACAGGTAGCACCGCTAAAAGCGTTCCTCGCGGAACATCAGATAGTCCCGGAATCGTTTTATCCGGTGGTGCGGGCGCGGCTGACGGCGATTAACGATAAGCCGACAGAAGGTAATGAAGATGAGGCGCTTAACCGCGAACTCAATCTTACCTGGCAAAATACGC > CP009273/517247‑517534 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |