| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 523,031 | G→A | 7.7% | intergenic (+34/‑6) | rhsD → / → ybbC | Rhs family putative polymorphic toxin/putative immunity protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 523,031 | 0 | G | A | 7.7% | 798.5 / 36.6 | 233 | intergenic (+34/‑6) | rhsD/ybbC | Rhs family putative polymorphic toxin/putative immunity protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (112/102); new base A (12/6); total (124/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
CTCGCAACACCTGATGGACGATTTGAGGCGCTTAATAATAAAGGAGAATATATTTTTATCAGAAATAGTGTCCCGGGATTGAGTTCAGTATGCATACCGTATCATGATTAATTTTAGTGCTTTTATTAGTGGGGCCTATAAGGAGATTCAATGAAATATAGTTCAATATTTTCGATGCTTTCATTTTTTATACTATTTGCCTGTAATGAGACAGCTGTTTACGGTTCTGATGAAAACATTATTTTTATGAGGTATGTGGAAAAATTACATTTAGATAAATACTCTGTTAAAA > CP009273/522887‑523178 | ctcGCAACACCTGATGGACGATTTGAGGCGCTTAATAATAAAGGAGAATATATTTTTATCAGAAATAGTGTCCCGGGATTGAGTTCAGTATGCATACCGTATCATGATTAATTTTAGTGCTTTTATTAGTGGGGCCTATAAGGAGAtt < 2:1623346/148‑1 (MQ=255) cGCAACACCTGATGGACGATTTGAGGCGCTTAATAATAAAGGAGAATTTATTTTTATCAGAAATAGTGTCCCGGGATTGAGTTCAGTATGCATACCGTATCATGATTAATTTTAGTGCTTTTATTAGTGGGGCCTATAAGGAGATTCa > 1:1047771/1‑148 (MQ=255) gCAACACCTGATGGACGATTTGAGGCGCTTAATAATAAAGGAGAATATATTTTTATCAGAAATAGTGTCCCGGGATTGAGTTCAGTATGCATACCGTATCATGATTAATTTTAGTGCTTTTATTAGTGGGGCCTATAAGGAGATTCaa < 1:3189594/148‑1 (MQ=255) aaCACCTGATGGACGATTTGAGGCGCTTAATAATAAAGGATAATATATTTTTATCAGAAATAGTGTCCCGGGATTGAGTTCAGTATGCATACCGTATCATGATTAATTTTAGTGCTTTTATTAGTGGGGCCTATAAGGAGATTCAATg < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |