| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 523,388 | T→A | 11.1% | F118I (TTC→ATC) | ybbC → | putative immunity protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 523,388 | 0 | T | A | 11.1% | 657.1 / 61.4 | 225 | F118I (TTC→ATC) | ybbC | putative immunity protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (114/86); new base A (15/10); total (129/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
GCGAACGGATTGCAGAAGAAGAAAAACCATATTTAATTACGGAACTACCAGATAGTTGGGTTGTTGAGGGAGCAAAGTTACCTTATGAAGTTGCGGGTGGTGTATTTATTATAGAAATTAATAAGAAAAATGGATGTGTTTTGAATTTCCTACATAGTAAATAATGCTGGCGCTGATGGATGCGGATGGAAACATTGCGTGGAGCGGGGAGTATGATGAGTGGGGCAACCAGCTGAATGAAGAGAACCCGCATCACCTGCACCAGCCGTACCGGCTGCCGGGGCAGCAGTATGA > CP009273/523242‑523535 | cGAACGGATTGCAGAAGAAGAAAAACCATATTTAATTACGGAACTACCAGATAGTTGGGTTGTTGAGGGAGCAAAGTTACCTTATGAAGTTGCGGGTGGTGTATTTATTATAGAAATTAATAAGAAAAATGGATGTGTTTTGAATTTc < 2:1365553/148‑1 (MQ=255) gAACGGATTGCAGAAGAAGAAAAACCATATTTAATTACGGAACGACCAGATAGTTGGGTTGTTGAGGGAGCAAAGTTACCTTATGAAGTTGCGGGTGGTGTATTTATTATAGAAATTAATAAGAAAAATGGATGTGTTTTGAATTTcc < 2:65934/148‑1 (MQ=255) cGGATTGCAGAAGAAGAAAAACCATATTTAATTACGGAACTACCAGATAGTTGGGTTGTTGAGGGAGCAAAGTTACCTTATGAAGTTGCGGGTGGTGTATTTATTATAGAAATTAATAAGAAAAATGGATGTGTTTTGAATTTCCTAc < 2:2785939/148‑1 (MQ=255) cGGATTGCAGAAGAAGAAAAACCATATTTAATTACGGAACTACCAGATAGTTGGGTTGTTGAGGGAGCAAAGTTACCTTATGAAGTTGCGGGTGGTGTATTTATTATAGAAATTAATAAGAAAAATGGATGTGTTTTGAATTTCCTAc < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |