Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 557,303 | A→T | 11.0% | E717D (GAA→GAT) | sfmD → | putative outer membrane export usher protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 557,303 | 0 | A | T | 11.0% | 637.3 / 57.3 | 215 | E717D (GAA→GAT) | sfmD | putative outer membrane export usher protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (107/84); new base T (13/11); total (120/95) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
TATAACTACGACCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGTTGTGCCGAC > CP009273/557157‑557449 | tataACTACGACCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGTCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGaaa < 2:2698794/148‑1 (MQ=255) ataACTACGACCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGaaaa > 2:3119017/1‑148 (MQ=255) agaaCTACGACCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTTaaaa < 2:2073089/146‑1 (MQ=255) aaCTACGACCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATc < 2:847249/148‑1 (MQ=255) aaCTACGACCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATc > 2:2528523/1‑148 (MQ=255) cTACGACCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCaa > 1:598418/1‑148 (MQ=255) tACGACCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCaaa > 2:1808354/1‑148 (MQ=255) tACGACCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCaaa > 2:136260/1‑148 (MQ=255) tACGACCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCaaa > 2:1210027/1‑148 (MQ=255) tACGACCACGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCaaa > 1:257791/1‑148 (MQ=255) aCGACCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAAc < 2:2283418/148‑1 (MQ=255) aCCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTgg > 1:2719214/1‑148 (MQ=255) ccGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGc > 1:1439731/1‑148 (MQ=255) gATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCAttt < 2:1340166/148‑1 (MQ=255) gATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCAttt < 1:1866303/148‑1 (MQ=255) tCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTa > 1:1648032/1‑148 (MQ=255) cATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCg < 1:3313280/148‑1 (MQ=255) cATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCg > 2:1800036/1‑148 (MQ=255) gACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACt > 2:637144/1‑148 (MQ=255) tAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGgcgc > 1:572919/1‑148 (MQ=255) aCTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCgg < 2:383162/148‑1 (MQ=255) ggCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTa < 2:36599/148‑1 (MQ=255) gCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCg > 2:2465990/1‑148 (MQ=255) cTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCgg > 2:2552093/1‑148 (MQ=255) cTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCgg > 2:1027887/1‑148 (MQ=255) gTCTGGCGGGGGGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGAGACCAATGTTTTGATTACAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTCACCGCCTGGCGCGGCTATGCGGTg < 2:1731142/148‑1 (MQ=255) tCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGa > 2:2168584/1‑148 (MQ=255) cTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGAt > 2:1229330/1‑148 (MQ=255) gCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCt > 2:3111443/1‑148 (MQ=255) ggTTTGGTGGTGCATGTACATGGCATATCGCTGTGCCAGCCTTTAGGGGATTCCAATGTTTGGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCTTTTTAACCGAGTGGCGCGGCTTTGCGGTGATGCTGt < 2:2406437/148‑1 (MQ=255) tgGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGc > 1:1652435/1‑148 (MQ=255) gggCATGAAAATGGCATACCGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACgg < 1:1688118/148‑1 (MQ=255) aTGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTa < 1:2748082/148‑1 (MQ=255) tGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTAt < 1:1058963/148‑1 (MQ=255) gAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATc < 1:861503/148‑1 (MQ=255) aaaaTGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCg < 1:3178230/148‑1 (MQ=255) aaaaTGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCg > 2:1859944/1‑148 (MQ=255) aaaaTGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCg > 1:2471844/1‑148 (MQ=255) aaaTGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCgg > 2:2667086/1‑148 (MQ=255) aTGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGta < 2:257088/148‑1 (MQ=255) gCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATaa > 2:3114673/1‑148 (MQ=255) cTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATcg < 2:1974634/148‑1 (MQ=255) cTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATcg < 1:316068/148‑1 (MQ=255) gAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATcgcg > 2:851243/1‑148 (MQ=255) ccagccTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCtt > 1:297719/1‑148 (MQ=255) ccagccTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCtt > 1:296000/1‑148 (MQ=255) ccagccTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCtt < 1:104217/148‑1 (MQ=255) gccTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGAt < 2:278548/148‑1 (MQ=255) ccTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATa > 1:163147/1‑148 (MQ=255) ccTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATa > 1:163538/1‑148 (MQ=255) tttAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATAcc > 2:111134/1‑148 (MQ=255) ttAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCa > 2:7035/1‑148 (MQ=255) ttAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCa > 2:3085846/1‑148 (MQ=255) ttAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCa < 1:1789822/148‑1 (MQ=255) gggATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATAc > 2:2696754/1‑148 (MQ=255) ggATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACg > 1:2908879/1‑148 (MQ=255) aTACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGAt < 1:2715511/148‑1 (MQ=255) aCCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATgg > 2:944410/1‑148 (MQ=255) ccAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATggg > 1:2194925/1‑148 (MQ=255) tGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAAt > 2:780392/1‑148 (MQ=255) gTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAAtt < 2:2479969/148‑1 (MQ=255) gTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAAtt > 2:2019236/1‑148 (MQ=255) tttGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTcc > 2:672017/1‑148 (MQ=255) ttGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCa < 1:3114650/148‑1 (MQ=255) ttGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCa < 2:2643454/148‑1 (MQ=255) ttAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGa > 2:2864049/1‑148 (MQ=255) ttAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGa > 1:1591263/1‑148 (MQ=255) aGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGtt < 2:981453/148‑1 (MQ=255) aGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGtt < 2:1264282/148‑1 (MQ=255) ccTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGaaa > 2:1820827/1‑148 (MQ=255) ggCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGaaaaaa > 2:3175732/1‑148 (MQ=255) gcgcAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGaaaaaaa > 2:2132827/1‑148 (MQ=255) gcgcAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGaaaaaaa < 1:1274638/148‑1 (MQ=255) gcgcAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGaaaaaaa > 2:1984945/1‑148 (MQ=255) cgcAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAat < 2:247400/148‑1 (MQ=255) cgcAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAat < 2:30227/148‑1 (MQ=255) gcAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAata < 1:865275/148‑1 (MQ=255) cAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAatat > 1:2141866/1‑148 (MQ=255) cAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAatat < 1:3119017/148‑1 (MQ=255) aGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATAtt < 1:136260/148‑1 (MQ=255) aGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATAtt < 1:1808354/148‑1 (MQ=255) ggCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTa > 1:2203632/1‑148 (MQ=255) gCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTag < 1:1386916/148‑1 (MQ=255) cGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTagc < 2:2356184/148‑1 (MQ=255) ggTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTagca < 2:1648032/148‑1 (MQ=255) tgtACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTagcagc < 1:2168576/148‑1 (MQ=255) gtACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCg < 2:1439731/148‑1 (MQ=255) tACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGt > 2:1700566/1‑148 (MQ=255) tACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGt > 2:328067/1‑148 (MQ=255) tACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGt > 2:584365/1‑148 (MQ=255) tACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGt > 2:584448/1‑148 (MQ=255) aCGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGtt > 1:2529758/1‑148 (MQ=255) cATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGTtgtg < 1:3046221/148‑1 (MQ=255) cATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGTtgtg < 1:2528523/148‑1 (MQ=255) cATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGTtgtg > 1:493162/1‑148 (MQ=255) aTTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGTTGTGc > 2:2537726/1‑148 (MQ=255) ttGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGTTGTGcc > 1:2342309/1‑148 (MQ=255) ttGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGTTGTGcc > 1:680439/1‑148 (MQ=255) tGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGTTGTGCCg < 2:3060253/148‑1 (MQ=255) aaaaTCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGTTGTGCCGAc > 1:1097917/1‑148 (MQ=255) | TATAACTACGACCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGTTGTGCCGAC > CP009273/557157‑557449 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |