Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 564,319 | 0 | C | A | 17.5% | 599.4 / 73.8 | 213 | intergenic (+216/‑39) | emrE/ybcK | DLP12 prophage; multidrug resistance protein/DLP12 prophage; putative recombinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (87/88); new base A (25/13); total (112/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.65e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
TTGTTAATGTCTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAAATAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCACCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGT > CP009273/564172‑564465 | ttAATGTCTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAAATAAACAAAAATTATATCCCACCACt > 1:2691097/1‑148 (MQ=255) ttAATGTCTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAAATAAAAAAAAATTATATCCCACCACt > 2:2887030/1‑148 (MQ=255) aaTGTCTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAAATAAACAAAAATTATATCCCACCACTaa < 1:865840/148‑1 (MQ=255) aTGTCTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAAATAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAg < 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> CP009273/564172‑564465 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |