| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 625,364 | G→T | 100% | G5G (GGG→GGT) | cstA → | carbon starvation protein involved in peptide utilization; APC peptide transporter family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 625,364 | 0 | G | T | 100.0% | 629.0 / ‑6.7 | 188 | G5G (GGG→GGT) | cstA | carbon starvation protein involved in peptide utilization; APC peptide transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (107/80); total (108/80) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
CGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATCTCTATGGACACGCACACGGATAACAACTATGAACAAATCAGGGAAATACCTCGTCTGGACAGTGCTCTCTGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGG > CP009273/625220‑625508 | gTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATCTCTATGGACACGCACACGGATAACAACTATGAACAAATCAGGTAAATAc < 2:245241/148‑1 (MQ=255) ttAACATGGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATAGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATCTCTATGGACACGCACACGGATAACAACTATGAACAAATCAGGTAAATAcc > 1:1639726/1‑148 (MQ=255) tAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATCTCTATGGACACGCACACGGATAACAACTATGAACAAATCAGGTAAATACCt > 1:3075215/1‑148 (MQ=255) tAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATCTCTATGGACACGCACACGGATAACAACTATGAACAAATCAGGTAAATACCt < 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CP009273/625220‑625508 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |