Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 632,846 | G→A | 11.5% | L77F (CTT→TTT) | ybdO ← | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 632,846 | 0 | G | A | 11.5% | 677.0 / 58.3 | 218 | L77F (CTT→TTT) | ybdO | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (89/101); new base A (15/10); total (107/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.02e-01 |
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
AGAGGAATCTTGCCGTAGGCAGCGGATCAGCATACTATTATTAGAGCAAGAAATGAGCTGAGGGCCGTAGATAATAAAGTTTTTCTTTAGTTCGGACTTATTGACTATATTAATTGTTTGTTCAAGGCCTCTGAGATTTTTCTCAAGATGGTGATGCAGATTTAACCCTGTTGTCGTCGGCGCGATACCTTTTCCTGAGCGAATGAATAAAGGGTCATTAAATTGCGCACGTAAGCGTTGTAACGACTGGCTCACGGCTGATGGGGTGATATATAGTGATTCAGCAGCTTTGC > CP009273/632700‑632992 | agagGAATCTTGCCGTAGGCAGCGGATCAGCATACTATTATTAGAGCAAGAAATGAGCTGAGGGCCGTAGATAATAAAGTTTTTCTTTAGTTCGGACTTATTGACTATATTAATTGTTTGTTCAAGGCCTCTGAGATTTTTCTCAAGa < 1:364467/148‑1 (MQ=255) gagGAATCTTGCCGTAGGCAGCGGATCAGCATACTATTATTAGAGCAAGAAATGAGCTGAGGGCCGTAGATAATAAAGTTTTTCTTTAGTTCGGACTTATTGACTATATTAATTGTTTGTTCAAGGCCTCTGAGATTTTTCTCAAGAt < 2:522264/148‑1 (MQ=255) gagGAATCGTGCCGTAGGCAGCGGATCAGCATACTATTATTAGAGCAAGAAATGAGCTGAGGGCCGTAGATAATAAAGTTTTTCTTTAGTTCGGACTTATTGACTATATTAATTGTTTGTTCAAGGCCTCTGAGATTTTTCTCAAGAt < 1:1412164/148‑1 (MQ=255) gagGAATCGTGCCGTAGGCAGCGGATCAGCATACTATTATTAGAGCAAGAAATGAGCTGAGGGCCGTAGATAATAAAGTTTTTCTTTAGTTCGGACTTATTGACGATATTAATTGTTTGTTCAAGGCCTCTGAGATTTTTCTCAAGAt < 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aGATGGTGATGCAGATTTAACCCTGTTGTCGTCGGCGCGATACCTTTTCCTGAGCGAATGAATAAAGGGTCATTAAATTGCGCACGTAAGCGTTGTAACGACTGGCTCACGGCTGATGGGGTGATATATAGTGATTCAGCAGCTTTGc < 1:198222/148‑1 (MQ=255) | AGAGGAATCTTGCCGTAGGCAGCGGATCAGCATACTATTATTAGAGCAAGAAATGAGCTGAGGGCCGTAGATAATAAAGTTTTTCTTTAGTTCGGACTTATTGACTATATTAATTGTTTGTTCAAGGCCTCTGAGATTTTTCTCAAGATGGTGATGCAGATTTAACCCTGTTGTCGTCGGCGCGATACCTTTTCCTGAGCGAATGAATAAAGGGTCATTAAATTGCGCACGTAAGCGTTGTAACGACTGGCTCACGGCTGATGGGGTGATATATAGTGATTCAGCAGCTTTGC > CP009273/632700‑632992 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |