| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 647,509 | T→C | 100% | intergenic (‑197/‑182) | citC ← / → citA | [citrate [pro‑3S]‑lyase] ligase/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CitB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 647,509 | 0 | T | C | 100.0% | 579.9 / ‑6.7 | 153 | intergenic (‑197/‑182) | citC/citA | [citrate [pro‑3S]‑lyase] ligase/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CitB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base C (69/82); minor base A (1/0); total (70/83) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
GTTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGAGGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAATTACAT > CP009273/647364‑647653 | gttCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtcta < 2:2975410/148‑1 (MQ=255)gttCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtcta < 2:1370581/148‑1 (MQ=255) ttCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtctat < 1:2685302/148‑1 (MQ=255) ttCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtctat < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |