Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 652,597 | C→T | 100% | intergenic (+24/‑151) | pagP → / → cspE | phospholipid:lipid A palmitoyltransferase/constitutive cold shock family transcription antitermination protein; negative regulator of cspA transcription; RNA melting protein; ssDNA‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 652,597 | 0 | C | T | 85.8% | 496.2 / 68.3 | 183 | intergenic (+24/‑151) | pagP/cspE | phospholipid:lipid A palmitoyltransferase/constitutive cold shock family transcription antitermination protein; negative regulator of cspA transcription; RNA melting protein; ssDNA‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/15); new base T (81/76); total (92/91) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
TCCCGGTTCTACTGCCATTGGCCTCCGTGGGTTATGGCCCAGTGACTTTTCAGATGACCTACATTCCGGGTACCTACAACAATGGCAATGTGTACTTTGCCTGGATGCGCTTTCAGTTTTGAGACAAATGAAGTTTTAGTAACTTCTTTAAAATCAATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTGGACAAAGCGTACCACAATTGGTGTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATT > CP009273/652452‑652744 | tcCCGGTTCTACTGCCATTGGCCTCCGTGGGTTATGGCCCAGTGACTTTTCAGATGACCTACATTCCGGGTACCTACAACAATGGCAATGTGTACTTTGCCTGGATGCGCTTTCAGTTTTGAGACAAATGAAGTTTTAGTAActtttt < 1:757843/148‑1 (MQ=255) cccGGTTCTACTGCCATTGGCCTCCGTGGGTTATGGCCCAGTGACTTTTCAGATGACCTACATTCCGGGTACCTACAACAATGGCAATGTGTACTTTGCCTGGATGCGCTTTCAGTTTTGAGACAAATGAAGTTTTAGTAACtttttt > 2:1167189/1‑148 (MQ=255) gTTCTACTGCCATTGGCCTCCGTGGGTTATGGCCCAGTGACTTTTCAGATGACCTACATTCCGGGTACCTACAACAATGGCAATGTGTACTTTGCCTGGATGCGCTTTCAGTTTTGAGACAATTGAAGTTTTAGTAACTTTTTTaaaa < 1:634632/148‑1 (MQ=255) ttCTACTGCCATTGGCCTCCGTGGGTTATGGCCCAGTGACTTTTCAGATGACCTACATTCCGGGTACCTACAACAATGGCAATGTGTACTTTGCCTGGATGCGCTTTCAGTTTTGAGACAAATGAAGTTTTAGTAACTTTTTTAAAAt > 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gCCATTGGCCTCCGTGGGTTATGGCCCAGTGACTTTTCAGATGACCTACATTCCGGGTACCTACAACAATGGCAATGTGTACTTTGCCTGGATGCGCTTTCAGTTTTGAGACAAATGAAGTTTTAGTAACTTTTTTAAAATCAATAGc > 2:639373/1‑148 (MQ=255) gCCATTGGCCTCCGTGGGTTATGGCCCAGTGACTTTTCAGATGACCTACATTCCGGGTACCTACAACAATGGCAATGTGTACTTTGCCTGGATGCGCTTTCAGTTTTGAGACAAATGAAGTTTTAGTAACTTTTTTAAAATCAATAGc > 1:1398183/1‑148 (MQ=255) ccATTGGCCTCCGTGGGTTATGGCCCAGTGACTTTTCAGATGACCTACATTCCGGGTACCTACAACAATGGCAATGTGTACTTTGCCTGGATGCGCTTTCAGTTTTGAGACAAATGAAGTTTTAGTAACTTTTTTAAAATCAATAGCt < 1:1655882/148‑1 (MQ=255) aTTGGCCTCCGTGGGTTATGGCCCAGTGACTTTTCAGATGACCTACATTCCGGGTACCTACAACAATGGCAATGTGTACTTTGCCTGGATGCGCTTTCAGTTTTGAGACAAATGAAGTTTTAGTAACTTTTTTAAAATCAATAGCTaa > 1:2231176/1‑148 (MQ=255) ttGGCCTCCGTGGGTTATGGCCCAGTGACTTTTCAGATGACCTACATTCCGGGTACCTACAACAATGGCAATGTGTACTTTGCCTGGATGCGCTTTCAGTTTTGAGACAAATGAAGTTTTAGTAACTTTTTTAAAATCAATAGCTaaa > 2:944343/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |