| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 731,253 | G→A | 12.3% | A50T (GCC→ACC) | ybfC → | putative periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 731,253 | 0 | G | A | 12.3% | 620.3 / 59.5 | 203 | A50T (GCC→ACC) | ybfC | putative periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (85/93); new base A (10/15); total (95/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
TGAAAAGAGTTTTGTTCTTTTTGCTGATGATATTTGTTAGTTTTGGTGTTATAGCTGATTGCGAAATACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCA > CP009273/731107‑731400 | tGAAAAGAGTTTTGTTCTTTTTGCTGATGATATTTGTTAGTTTTGGTGTTATAGCTGATTGCGAAATACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGc < 2:573587/148‑1 (MQ=255) aaGAGTTTTGTTCTTTTTGCTGATGATATTTGTTAGTTTTGGTGTTATAGCTGATTGCGAAATACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCAtg > 1:2151605/1‑148 (MQ=255) aaGAGTTTTGTTCTTTTTGCTGATGATATTTGTTAGTTTTGGTGTTATAGCTGATTGCGAAATACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCAtg > 1:2151365/1‑148 (MQ=255) gagTTTTGTTCTTTTTGCTGATGATATTTGTTAGTTTTGGTGTTATAGCTGATTGCGAAATACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCAtgtg > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |