Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 747,068 | A→T | 32.8% | I186I (ATT→ATA) | ybgQ ← | putative outer membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 747,068 | 0 | A | T | 32.8% | 280.5 / 205.5 | 204 | I186I (ATT→ATA) | ybgQ | putative outer membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (79/58); new base T (30/37); total (109/95) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
GTTTCGCCGAGGGTTAACTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTATCTTCGCTATCGGTCTTATTAAGCTGGTAATCACTGCGTAAGCGCCATGCCCCGGCGTTAATTCCGGCGGTACCGTAGGCATTCAGGTTAGTGCTGCTGCTGCCGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCA > CP009273/746922‑747214 | tttCGCCGAGGGTTAACTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTATCTTCGCTATCGGTCTTATTAAGCTGGTAATCACTGCGTAAGCGCCATGCCCCGGCGTTTAt > 2:2911221/1‑148 (MQ=255) ttCGCCGAGGGTTAACTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTATCTTCGCTATCGGTCTTATTAAGCTGGTAATCACTGCGTAAGCGCCATGCCCCGGCGTTTAtt > 2:2623578/1‑148 (MQ=255) ttCGCCGAGGGTTAACTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTATCTTCGCTATCGGTCTTATTAAGCTGGTAATCACTGCGTAAGCGCCATGCCCCGGCGTTAAtt > 1:2958225/1‑148 (MQ=255) gCCGAGGGTTAACTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTATCTTCGCTATCGGTCTTATTAAGCTGGTAATCACTGCGTAAGCGCCATGCCCCGGCGTTAATTCcg < 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cACTGCGTAAGCGCCATGCCCCGGCGTTAATTCCGGCGGTACCGTAGGCATTCAGGTTAGTGCTGCTGCTGCCGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTaga < 2:1664036/148‑1 (MQ=255) gCGTAAGCGCCATGCCCCGGCGTTTATTCCGGCGGTACCGTAGGCATTCAGGTTAGTGCTGCTGCTGCCGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAgggg < 1:2911221/148‑1 (MQ=255) aaGCGCCATGCCCCGGCGTTAATTCCGGCGGTACCGTAGGCATTCAGGTTAGTGCTGCTGCTGCCGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAg > 2:932830/1‑148 (MQ=255) gcgcCATGCCCCGGCGTTAATTCCGGCGGTACCGTAGGCATTCAGGTTAGTGCTGCTGCTGCCGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGcc < 1:2859628/148‑1 (MQ=255) ccATGCCCCGGCGTTAATTCCGGCGGTACCGTAGGCATTCAGGTTAGTGCTGCTGCTGCCGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAg > 1:424244/1‑148 (MQ=255) tGCCCCGGCGTTTATTCCGGCGGTACCGTAGGCATTCAGGTTAGTGCTGCTGCTGCCGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGttt > 1:542861/1‑148 (MQ=255) tGCCCCGGCGTTTATTCCGGCGGTACCGTAGGCATTCAGGTTAGTGCTGCTGCTGCCGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGttt > 1:2205687/1‑148 (MQ=255) gCCCCGGCGTTAATTCCGGCGGTACCGTAGGCATTCAGGTTAGTGCTGCTGCTGCCGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGtttt < 1:702126/148‑1 (MQ=255) cGGCGTTAATTCCGGCGGTACCGTAGGCATTCAGGTTAGTGCTGCTGCTGCCGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGa < 2:2569603/148‑1 (MQ=255) tAATTCCGGCGGTACCGTAGGCATTCAGGTTAGTGCTGCTGCTGCCGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCa < 2:586217/148‑1 (MQ=255) tAATTCCGGCGGTACCGTAGGCATTCAGGTTAGTGCTGCTGCTGCCGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCa > 1:2090156/1‑148 (MQ=255) | GTTTCGCCGAGGGTTAACTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTATCTTCGCTATCGGTCTTATTAAGCTGGTAATCACTGCGTAAGCGCCATGCCCCGGCGTTAATTCCGGCGGTACCGTAGGCATTCAGGTTAGTGCTGCTGCTGCCGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCA > CP009273/746922‑747214 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |