Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 816,292 | A→T | 12.3% | H15L (CAC→CTC) | ybhM → | UPF0005 family inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 816,292 | 0 | A | T | 12.3% | 704.0 / 76.9 | 244 | H15L (CAC→CTC) | ybhM | UPF0005 family inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (119/95); new base T (22/8); total (141/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.68e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 |
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
GCGGAAGCGTTTTCTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATATTTTTTCTAAGGATAACTAAAAGAATGGAATCATACTCGCAAAACAGCAATAAATTAGATTTTCAGCACGAGGCCAGGATATTAAACGGTATATGGCTCATTACCGCTTTAGGTTTGGTGGCAACCGCAGGACTAGCCTGGGGAGCTAAGTATATCGAAATTACGGCAACCAAATATGATTCACCACCAATGTATGTCGCCATAGGGTTATTATT > CP009273/816145‑816439 | gCGGAAGCGTTTTCTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATATTTTTTCTAAGGATAACTAAAAGAATTTAATAATAATCGCAAAACAGCAATAAAATAGATTTTAAGCa > 1:2308779/1‑148 (MQ=255) gCGGAAGCGTTTTCTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATATTTTTTCTAAGGATAACTAAAAGAATGGAATCATACTCGCAAAACAGCAATAAATTAGATTTTCAGCa > 2:1300644/1‑148 (MQ=255) aaGCGTTTTCTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTTATGGTGAATATTAATATTTTTTATAAGGATAACTAAAAGAATGGAATCATAATCGCAAAAAAGCAATAAATTAGATTTTAAGCACGAg > 1:1785480/1‑148 (MQ=255) gTTTTCTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATATTTTTTCTAAGGATAACTAAAAGAATGGAATCATACTCGCAAAACAGCAATAAATTAGATTTTCAGCTCGAGGCCa 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aCGAGGCCAGTATATTAAACGGTATATGGCTCATTACCGCTTTAGGTTTGGTGGCAACCGCAGGACTAGCCTGGGGAGCTAAGTATATCGAAATTACGGCAACCAAATATGATTCACCACCAATGTATGTCGCCATAGGGttattatt < 2:2944071/148‑1 (MQ=255) | GCGGAAGCGTTTTCTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATATTTTTTCTAAGGATAACTAAAAGAATGGAATCATACTCGCAAAACAGCAATAAATTAGATTTTCAGCACGAGGCCAGGATATTAAACGGTATATGGCTCATTACCGCTTTAGGTTTGGTGGCAACCGCAGGACTAGCCTGGGGAGCTAAGTATATCGAAATTACGGCAACCAAATATGATTCACCACCAATGTATGTCGCCATAGGGTTATTATT > CP009273/816145‑816439 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |