| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 840,853 | C→G | 11.2% | T28T (ACG→ACC) | ybiO ← | mechanosensitive channel protein, intermediate conductance |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 840,853 | 0 | C | G | 11.2% | 438.7 / 3.9 | 142 | T28T (ACG→ACC) | ybiO | mechanosensitive channel protein, intermediate conductance |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/70); new base G (16/2); total (70/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.83e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
GGGGGCGTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATCCACCGCATGACTCCTCCAGTGAGAAAATAGAGCAAAAAGATAAGTATAGATGCTGGAGGAGGGGCGATTTT > CP009273/840707‑840999 | gggggCGTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCcgttgtcg > 1:3032297/1‑148 (MQ=255)gggggCGTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGGTCAGTCGTTGAGTCcgttgtcg > 1:3031538/1‑148 (MQ=255) ggggCGTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCcgttgtcgt < 1:479441/148‑1 (MQ=255) ggggCGTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGGTGGGTCcgttgtcgt > 1:3208768/1‑148 (MQ=255) ggggCGTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGGTGAGTCcgttgtcgg > 2:2250273/1‑147 (MQ=255) ggCGTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCcgttgtcgttg < 2:466735/148‑1 (MQ=255) gTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTgg < 1:3239274/148‑1 (MQ=255) tAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGt > 2:1479054/1‑148 (MQ=255) gCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGGTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTaa < 1:725604/148‑1 (MQ=255) aaCGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACg < 1:1126668/148‑1 (MQ=255) aaCGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACg < 1:2778196/148‑1 (MQ=255) cGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTTTTGGATATACCGTTCCGGGGCCGGGTGAGGCGGTGTGTGCGTTTTGGTTGTGGgtgttaaccc > 1:2552411/1‑142 (MQ=255) cGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTTTTCGATATACGGTTACGGGGCCGGGTCAGTCGGTGAGTCCGTTGTGGGTGTGGGTGTTAAGcc > 1:174175/1‑148 (MQ=255) gTGCGCAACTGGTCTATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGGGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTGGTTGTGGTTGTAACGCCgg < 1:428566/148‑1 (MQ=255) cTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTTTTAGATATACCGTTACCGGGCCCGTTCAATCGTTGTGTCCCTTGTGGTTGTGGTTGTAAACCCCGggatggat > 1:700452/1‑148 (MQ=255) cTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTAGATAACCGGGTCCCGGGCCGGGTCAGTCGTTGAGTCCCGTTTGGGTGGGGGTGTAAACCCCGggatggat > 1:700745/1‑148 (MQ=255) tGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATTTACGGTTCCGGGGGCGGTTGAGTGGGTGATTCCGTTGTCGTTGTGGGTGTTAAGCCGGGGATGGATa > 1:1030230/1‑148 (MQ=255) gTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTGCGTTGTCGGTGTGGTTGTAAAGCCCGGGCTGGATAcc > 1:163347/1‑148 (MQ=255) gTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATAcc > 2:159614/1‑148 (MQ=255) cGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTTTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACcgc > 1:1080890/1‑148 (MQ=255) cGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTGGATATACGGTTCCGGGGCCGGGTCAGTCGGTGTGTCCGTTTTGGTTGTGGGTGTTAAGCCGGGGGTGGGTAcccc > 1:2803462/1‑146 (MQ=255) tCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTg < 1:763387/148‑1 (MQ=255) tCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTg < 1:2908067/148‑1 (MQ=255) cAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTgg > 2:2017046/1‑148 (MQ=255) tctTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAg < 1:3016358/148‑1 (MQ=255) ctTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTTTTCGATATACGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGTGTACGTTGTGGGTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATAACGCGTGGGCCgg > 1:1637270/1‑148 (MQ=255) ttACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATAACCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGGCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTg > 2:475473/1‑148 (MQ=255) cgcgAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTTTTCGATATACGGTTCCGGGGCCGGGTCAGTGGGTGTGTCCGTTGTGGTTTTGGTTGTTAAGCCGGGGGTGGATAAACCCTGGGGCGGTgcgc > 1:718716/1‑148 (MQ=255) gtgtCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCcagca < 2:969553/148‑1 (MQ=255) cATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTGGATATCCGGTTGCGGGGCCGGTTGAGTGGGTGTGTGCGTTGTGGTTGGGGTTGTTAAGCCGGGGGTGGTTTAAGCGGGGGGGGGTGCGCCCCgccggcc > 1:2278592/1‑147 (MQ=255) cATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATACGGTTCCGGGGCCGGGTGAGTCGTTGTGTGCGTTGTCGTGGTGGGTGGAAAGCCCGGGGTGGGTAACCCCGGGGCCGGTGGGCCCAgcacgcc > 1:2619586/1‑147 (MQ=255) aTTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAgcaggcag < 1:518188/148‑1 (MQ=255) ttATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCaga < 1:98609/148‑1 (MQ=255) cAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAgg < 2:750291/148‑1 (MQ=255) 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ccGCTTTTTTTTGTTCGATATACGGTTACGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTTTGGTTTTTGTTTTTACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATACACCGCAAGAcacc > 2:1107908/1‑148 (MQ=255) cGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATAACCCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGTACAGGATCCACCGCAAGActcct > 1:1815741/1‑148 (MQ=255) gCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACCCCGGGTATGGATACCCCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATCCACCGCATGAcacctc > 1:725136/1‑148 (MQ=255) gCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTCTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATCCACCGCATGActcctc < 2:2795281/148‑1 (MQ=255) cTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGGATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCCGAAGAGGATGAACAGGATCCACCGCAAGACtcctcc > 1:1427166/1‑148 (MQ=255) 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cGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATCCACCGCATGACTCCTCCAGTGAGAAAATAGAGCAAAAAGATAAGTATAGATGCTgga < 2:2881043/148‑1 (MQ=255) ttGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATCCACCGCATGACTCCTCCAGTGAGAAAATAGAGCAAAAAGATAAGTATAGATTCTggagg > 1:2095884/1‑148 (MQ=255) tGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATCCACCGCATGACTCCTCCAGTGAGAAAATAGAGCAAAAAGATAAGTATAGATGCTggagga < 2:1726875/148‑1 (MQ=255) tGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATCCACCGCATGACTCCTCCAGTGAGAAAATAGAGCAAAAAGATAAGTATAGATGCTggagga > 2:1250137/1‑148 (MQ=255) tGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATCCACCGCATGACTCCTCCAGTGAGAAAATAGAGCAAAAAGATAAGTATAGATGCTggagga < 2:3031206/148‑1 (MQ=255) tGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATCCACCGCATGACTCCTCCAGTGAGAAAATAGAGCAAAAAGATAAGTATAGATGCTggagga < 2:3031538/148‑1 (MQ=255) tGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCACCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATCCACCGCATGACTCCTCCAGTGAGAAAATAGAGCAAAAAGATAAGTATAGATGCTggagga > 1:289297/1‑148 (MQ=255) aGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATCCACCGCATGACTCCTCCAGTGAGAAAATAGAGCAAAAAGATAAGTATAGATGCTGGaggagg > 1:342419/1‑148 (MQ=255) aGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATCCACCGCATGACTCCTCCAGTGAGAAAATAGAGCAAAAAGATAAGTATAGATGCTGGaggagg < 1:822634/148‑1 (MQ=255) aGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATCCACCGCATGACTCCTCCAGTGAGAAAATAGAGCAAAAAGATAAGTATAGATGCTGGaggagg < 2:906357/148‑1 (MQ=255) cgttgtcgttgtGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATCCACCGCATGACTCCTCCAGTGAGAAAATAGAGCAAAAAGATAAGTATAGATGCTGGAGGAGGGGCg < 2:174175/148‑1 (MQ=255) ttgtcgttgtGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATCCACCGCATGACTCCTCCAGTGAGAAAATAGAGCAAAAAGATAAGTATAGATGCTGGAGGAGGGGCGAt < 1:1688191/148‑1 (MQ=255) tgtcgttgtGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATCCACCGCATGACTCCTCCAGTGAGAAAATAGAGCAAAAAGATAAGTATAGATGCTGGAGGAGGGGCGAtt < 2:163347/148‑1 (MQ=255) gtcgttgtGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATCCACCGCATGACTCCTCCAGTGAGAAAATAGAGCAAAAAGATAAGTATAGATGCTGGAGGAGGGGCGAttt > 1:3136689/1‑148 (MQ=255) gtcgttgtGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATCCACCGCATGACTCCTCCAGTGAGAAAATAGAGCAAAAAGATAAGTATAGATGCTGGAGGAGGGGCGAttt < 2:2619586/148‑1 (MQ=255) tcgttgtGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATCCACCGCATGACTCCTCCAGTGAGAAAATAGAGCAAAAAGATAAGTATAGATGCTGGAGGAGGGGCGAtttt > 2:878687/1‑148 (MQ=255) | GGGGGCGTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATCCACCGCATGACTCCTCCAGTGAGAAAATAGAGCAAAAAGATAAGTATAGATGCTGGAGGAGGGGCGATTTT > CP009273/840707‑840999 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |