Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 868,500 | A→T | 93.3% | S22S (TCA→TCT) | yliE → | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 868,500 | 0 | A | T | 93.3% | 663.0 / 28.8 | 218 | S22S (TCA→TCT) | yliE | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/2); new base T (100/103); total (113/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.09e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
ATTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAGCGGCACAGCGTTCAGATAGTTATTTTGTTAAATGTATTAACATGCTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCA > CP009273/868355‑868647 | aTTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAGCGGCACAGCGTTCAGATAGTTATTTTGTTAAATGTATTAACATGCTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCttt < 1:2989678/148‑1 (MQ=255) ttAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAGCGGCACAGCGTTCAGATAGTTATTTTGTTAAATGTATTAACATGCTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCTTTTATTgg > 1:673416/1‑148 (MQ=255) aaaaaGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAGCGGCACAGCGTTCAGATAGTTATTTTGTTAAATGTATTAACATGCTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCTTTTATTGGTc < 2:3105349/148‑1 (MQ=255) aaaaGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAGCGGCACAGCGTTCAGATAGTTATTTTGTTAAATGTATTAACATGCTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCTTTTATTGGTCt < 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |