Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 868,897 | G→T | 11.4% | D155Y (GAC→TAC) | yliE → | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 868,897 | 0 | G | T | 11.4% | 686.6 / 41.9 | 208 | D155Y (GAC→TAC) | yliE | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (98/86); new base T (13/11); total (111/97) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
AAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCGGTGGATAAAATTCATGTCGATTTAAACTGGCGATATCTGA > CP009273/868750‑869044 | atatTCTCTTTTTGCGCGGAGGCCGAATTATAAAATCGTTGTTTAACATCAGCAACAATTAAATGGCCCGCTTGTCGCCGAGTCAGGGCGGGTTATTTTGGCCCTTTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGAc < 2:972575/148‑1 (MQ=255) atatTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGAc > 2:2175144/1‑148 (MQ=255) tattatCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGAct > 1:1873/1‑148 (MQ=255) tatCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTa > 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |