| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 97,893 | T→A | 10.5% | F214L (TTT→TTA) | murC → | UDP‑N‑acetylmuramate:L‑alanine ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 97,893 | 0 | T | A | 10.5% | 493.4 / 36.0 | 168 | F214L (TTT→TTA) | murC | UDP‑N‑acetylmuramate:L‑alanine ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (88/62); new base A (14/4); total (102/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
GGGGCATGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGATGTGTGTTGATGATCCGGTGATCCGCGAATTGTTACCGCGAGTGGGGCGTCAGACCACGACTTACGGCTTCAGCGAAGATGCCGACGTGCGTGTAGAAGATTAT > CP009273/97746‑98040 | ggggCATGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACtttt < 2:686491/148‑1 (MQ=255)ggggCATGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACtttt < 1:2393471/148‑1 (MQ=255)ggggCATGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACtttt < 1:733913/148‑1 (MQ=255)ggggCATGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACtttt < 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aTGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTaa < 2:2443397/148‑1 (MQ=255) tGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAAt < 2:151141/148‑1 (MQ=255) ggTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAAtt < 2:2860028/148‑1 (MQ=255) ggTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAAtt < 2:2860539/148‑1 (MQ=255) cGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTGTGAGAATTTAAAACAGACTTTAATTAATTTTc > 2:1362864/1‑148 (MQ=255) 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ttattaATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGATGTGTGTTGATGATCCGGTGATCCGCGAATTGTTACCGCGAGTGGGGCGTCAGACCACGACTTACGGCTTCAGCGAAGATGCCGACGTGCGTGTAGAAGATTa < 2:3234110/148‑1 (MQ=255) | GGGGCATGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGATGTGTGTTGATGATCCGGTGATCCGCGAATTGTTACCGCGAGTGGGGCGTCAGACCACGACTTACGGCTTCAGCGAAGATGCCGACGTGCGTGTAGAAGATTAT > CP009273/97746‑98040 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |