| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 909,385 | 0 | G | T | 10.2% | 527.0 / 25.0 | 154 | intergenic (‑115/+29) | hcp/ybjE | hybrid‑cluster [4Fe‑2S‑2O] protein in anaerobic terminal reductases/putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (79/59); new base T (9/7); total (88/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
TTGTTCACATTGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATGTTTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAGGGAGATTGATTTAGCGCAATTTTGGCGGCAGGGATCTACCGCCAGAGAGGTATTACGCAGAGAAAAAGGCGATGAGGATCGGCACTAACAGGCTAAGAATAAAACCGTGAACAATTGCCGCCGGGACCATATCCAGCCCGCCAGTACGTTGAAGAACGGGCAGGGTGAAA > CP009273/909247‑909531 | ttGTTCACATTGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATGTTTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAGGGAGATTGATTTAGCGCAATTTTGGCGGCAggg < 1:2097732/148‑1 (MQ=255) tGTTCACATTGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATGTTTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAGGGAGATTGATTTAGCGCAATTTTGGCGGCAGGGa < 1:263688/148‑1 (MQ=255) ttCACATTGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATGTTTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAGGGAGATTGATTTAGCGCAATTTTGGCGGCAGGGATc > 2:2017012/1‑148 (MQ=255) cacaTTGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATGTTTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAGGGAGATTGATTTAGCGCAATTTTGGCGGCAGGGATCTa < 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tGGCGGCAGGGATCTACCGCCAGAGAGGTATTACGCAGAGAAAAAGGCGATGAGGATCGGCACTAACAGGCTAAGAATAAAACCGTGAACAATTGCCGCCGGGACCATATCCAGCCCGCCAGTACGTTGAAGAACGGGCAGGGTGaaa < 1:697727/148‑1 (MQ=255) | TTGTTCACATTGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATGTTTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAGGGAGATTGATTTAGCGCAATTTTGGCGGCAGGGATCTACCGCCAGAGAGGTATTACGCAGAGAAAAAGGCGATGAGGATCGGCACTAACAGGCTAAGAATAAAACCGTGAACAATTGCCGCCGGGACCATATCCAGCCCGCCAGTACGTTGAAGAACGGGCAGGGTGAAA > CP009273/909247‑909531 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |