| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 927,679 | G→T | 6.2% | intergenic (‑173/‑372) | trxB ← / → lrp | thioredoxin reductase, FAD/NAD(P)‑binding/leucine‑responsive global transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 927,679 | 0 | G | T | 6.2% | 575.8 / 2.8 | 191 | intergenic (‑173/‑372) | trxB/lrp | thioredoxin reductase, FAD/NAD(P)‑binding/leucine‑responsive global transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (98/72); new base T (2/19); total (100/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.96e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
AATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTGCAATCGGCAGCATCGATAAGCAGGTC‑AAATTCTCCCGTCATTATCACCTCTGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGAAAAAAAACAGTATTCTTATATGCGCATAACCATG > CP009273/927532‑927823 | aaTGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACTATTTTGTTAACAATTTGTGCAATCGGCAGCATCGATAAGCAGGTC‑AAATTCTCCCGTCATTATCACCTCTGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCg < 2:2989452/148‑1 (MQ=255) aTGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTGCAATCGGCAGCATCGATAAGCAGGTC‑AAATTCTCCCGTCATTATCACCTCTGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGa > 2:517696/1‑148 (MQ=255) gggCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTGCAATCGGCAGCATCGATAAGCAGGTC‑AAATTCTCCCGTCATTATCACCTCTGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGAtt > 1:404744/1‑148 (MQ=255) cAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTGCAATCGGCAGCATCGATAAGCAGGTC‑AAATTCTCCCGTCATTATCACCTCTGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTaaa 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |