| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 945,548 | A→C | 7.0% | E142A (GAA→GCA) | ycaK → | putative NAD(P)H‑dependent oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 945,548 | 0 | A | C | 7.0% | 608.6 / 36.2 | 215 | E142A (GAA→GCA) | ycaK | putative NAD(P)H‑dependent oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (114/86); new base C (7/8); total (121/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
GCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGA > CP009273/945401‑945695 | gCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGa > 1:1720319/1‑148 (MQ=255) ggCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAat < 2:2358216/148‑1 (MQ=255) aaTGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAAtata < 2:1648783/148‑1 (MQ=255) aaTGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAAtata 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aaaaataTATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGa < 1:1998223/148‑1 (MQ=255) | GCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGA > CP009273/945401‑945695 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |