Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 999,441 | C→A | 14.8% | F13L (TTC→TTA) | ycbF → | putative periplasmic pilin chaperone |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 999,441 | 0 | C | A | 14.8% | 486.9 / 44.2 | 160 | F13L (TTC→TTA) | ycbF | putative periplasmic pilin chaperone |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (58/78); new base A (13/11); total (71/89) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
CCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAGTAAA > CP009273/999296‑999585 | ccaaCATAGCGGTAAGGAGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATTTGCAGACGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCTCTCTTGATATTCGc > 2:1887911/4‑148 (MQ=255) ccTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGc > 2:1092147/1‑148 (MQ=255) ccTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGc > 2:1887912/1‑148 (MQ=255) ccTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTAGc > 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tttAGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAGTaaa > 1:2421579/1‑148 (MQ=255) | CCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAGTAAA > CP009273/999296‑999585 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |