Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 103,467 | G→T | 100% | D142Y (GAT→TAT) | lpxC → | UDP‑3‑O‑acyl N‑acetylglucosamine deacetylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 103,467 | 0 | G | T | 100.0% | 530.6 / NA | 163 | D142Y (GAT→TAT) | lpxC | UDP‑3‑O‑acyl N‑acetylglucosamine deacetylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (76/87); total (76/87) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
TATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCGATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACAATGGTTTTTCGCTGGATTTCACCATCGATTTTAACCATCCGGCTATTGATTCCAGCAACCAGCGCTATGCGATGAACTTCTCCGCTGATGCGTTTATGCGCCAGATCAGCCGTGCGC > CP009273/103322‑103611 | tATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTAt > 1:1034985/1‑148 (MQ=255) tATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTAt > 2:1582572/1‑148 (MQ=255) tATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTAt > 1:1716948/1‑148 (MQ=255) tATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTAt > 2:3276743/1‑148 (MQ=255) tCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATaa < 2:2438182/148‑1 (MQ=255) cGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAg > 2:1917059/1‑148 (MQ=255) gAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGt < 1:2669516/148‑1 (MQ=255) aaGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTg > 1:1455711/1‑148 (MQ=255) aaGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTg > 1:2779249/1‑148 (MQ=255) 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aTGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACAATGGtt > 1:2655373/1‑148 (MQ=255) aTGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACAATGGtt > 1:2731329/1‑148 (MQ=255) cGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACAATGGTTTTTCg < 1:2058607/148‑1 (MQ=255) cGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACAATGGTTTTTCg < 2:1213000/148‑1 (MQ=255) cAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACAATGGTTTTTCGCTg > 2:651669/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |