| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,132,494 | T→A | 5.8% | I255I (ATT→ATA) | flgI → | putative flagellar basal body protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,132,494 | 0 | T | A | 5.8% | 577.0 / 19.0 | 183 | I255I (ATT→ATA) | flgI | putative flagellar basal body protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (91/81); new base A (5/6); total (96/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
CGTGCGTGGATATGGCAGCGCCACCGCGTTAGATGCGCGGACTATTCAGGTGCGCGTACCGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCGCAGGACGCTAAAGTAGTGATTAACTCGCGCACCGGTTCGGTGGTGATGAATCGCGAAGTGACCCTCGACAGCTGCGCGGTAGCGCAGGGGAATCTCTCAGTAACAGTTAATCGTCAGGCCAATGTCAGCCAGCCAGATACACCGTTTGGTGGTGGACAGACTGTGGTT > CP009273/1132347‑1132641 | tgcgtgGATATGGCAGCGCCACCGCGTTAGATGCGCGGACTATTCAGGTGCGCGTACCGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCGCAGGACGCTAAAGTAGTGATTaa < 2:1511/148‑1 (MQ=255) agcgtgGATATGGCAGCCCCACCGCGTTAGATGCGCGGACTATTCAGGTGCGCGTACCGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCGCAGGACGCTAAAGTAGTGATTaa < 1:3278189/147‑1 (MQ=255) gcgtgGATATGGCAGCGCCACCGCGTTAGATGCGCGGACTATTCAGGTGCGCGTACCGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCGCAGGACGCTAAAGTAGTGATTAAc > 1:3186892/1‑148 (MQ=255) atatGGCAGCGCCACCGCGTTAGATGCGCGGACTATTCAGGTGCGCGTACCGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCGCAGGACGCTAAAGTAGTGATTAACTCgcgc > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |