Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,296,729 | C→A | 87.8% | H431N (CAC→AAC) | oppA → | oligopeptide transporter subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,296,729 | 0 | C | A | 87.8% | 536.7 / 76.8 | 222 | H431N (CAC→AAC) | oppA | oligopeptide transporter subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/16); new base A (107/87); total (118/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 |
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
ACAAACCGTTGACCATCAACCTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTCACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGAATACCGCGCATTATAAGAGCCCGGCCTTTGACAGCATTATGGCGGAAA > CP009273/1296583‑1296873 | aaCCGTTGACCATCAACCTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCa < 2:718259/148‑1 (MQ=255) aaCCGTTGACCATCAACCTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCa > 1:1576797/1‑148 (MQ=255) aCCGTTGACCATCAACCTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAg > 1:2395889/1‑148 (MQ=255) ccGTTGACCATCAACCTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAgg > 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aTCAACCTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTg > 1:84357/1‑148 (MQ=255) tgttgtATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGc > 2:955559/1‑148 (MQ=255) tgttgtATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGc > 2:1629586/1‑148 (MQ=255) gttgtATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTCACCAGGGTACTTTTGATGTGGcc > 2:1154845/1‑148 (MQ=255) gttgtATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGcc < 1:2582842/148‑1 (MQ=255) tataACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTg < 2:406788/148‑1 (MQ=255) ataACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGc > 1:2669854/1‑148 (MQ=255) taACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGGAAACGTTCCTCGACACCCGTCACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCa > 1:1176416/1‑148 (MQ=255) taACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCa > 1:3309459/1‑148 (MQ=255) acacCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAgg > 1:1495810/1‑148 (MQ=255) 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ccGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGgtg > 1:2595137/1‑148 (MQ=255) cGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGgtgt > 1:1092122/1‑148 (MQ=255) gATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTCACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGtgtg < 2:2691755/148‑1 (MQ=255) tCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCt > 1:2706161/1‑148 (MQ=255) cATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACt > 1:2274950/1‑148 (MQ=255) aTAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTa < 1:1687039/148‑1 (MQ=255) tAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTAc > 2:1314853/1‑148 (MQ=255) aaaaaGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTCACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACa < 2:2837474/148‑1 (MQ=255) aaaaGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACaa < 1:2888329/148‑1 (MQ=255) aaaaGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACaa > 2:2665544/1‑148 (MQ=255) 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ctctTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTg > 1:1809353/1‑148 (MQ=255) tctTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGa > 1:3155054/1‑148 (MQ=255) ctTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGaa < 2:2910953/148‑1 (MQ=255) ctTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGaa < 2:2164139/148‑1 (MQ=255) ctTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGaa > 2:223856/1‑148 (MQ=255) tCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGGAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAaca < 2:236978/148‑1 (MQ=255) tCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAaca > 1:577405/1‑148 (MQ=255) cATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAacac < 2:1466025/148‑1 (MQ=255) aagaaAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCttt > 2:2112413/1‑148 (MQ=255) aaaaaCATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGa < 1:2078553/148‑1 (MQ=255) aaaaaCATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGa < 2:1441505/148‑1 (MQ=255) aaaaaCATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGa < 2:1441594/148‑1 (MQ=255) aaaCATTGGTGTAAACGTCAGACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAAc > 2:378526/1‑148 (MQ=255) aaaCATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAAc < 1:2494902/148‑1 (MQ=255) aaaCATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGATTTCGAAc < 2:2471978/148‑1 (MQ=255) 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ccGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGAATACCGCGCATTATAAGAGCCCGGCCTTTGACAGCATTATGGCGGaa < 1:3080180/148‑1 (MQ=255) | ACAAACCGTTGACCATCAACCTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTCACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGAATACCGCGCATTATAAGAGCCCGGCCTTTGACAGCATTATGGCGGAAA > CP009273/1296583‑1296873 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |