| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 134,028 | G→T | 88.4% | A153A (GCG→GCT) | cueO → | multicopper oxidase (laccase) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 134,028 | 0 | G | T | 88.4% | 344.4 / 44.8 | 147 | A153A (GCG→GCT) | cueO | multicopper oxidase (laccase) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/12); new base T (54/76); total (59/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
GCTGGAAGTACCGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGAT > CP009273/133881‑134172 | gCTGGAAGTACCGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCg < 2:664805/148‑1 (MQ=255) tGGAAGTACCGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTAt < 2:2928706/148‑1 (MQ=255) ggAAGTACCGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATg > 2:339248/1‑148 (MQ=255) aaGTACCGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATggg > 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aGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTggctgggctg < 2:620332/148‑1 (MQ=255) gTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGgctgggctgg < 2:2528823/148‑1 (MQ=255) gACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCtggtgg < 1:1239551/148‑1 (MQ=255) gACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCtggtgg < 1:731881/148‑1 (MQ=255) gACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCtggtgg < 1:731778/148‑1 (MQ=255) gcggcCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGAt < 2:3292646/148‑1 (MQ=255) gcggcCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGAt > 2:3002637/1‑148 (MQ=255) gcggcCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGAt > 2:2407349/1‑148 (MQ=255) gcCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGa < 1:960285/148‑1 (MQ=255) gcCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGa > 2:2700275/1‑148 (MQ=255) 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attattCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACgaga < 2:3159846/148‑1 (MQ=255) ttattCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGAt < 1:1011272/148‑1 (MQ=255) tattCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATc < 2:683551/148‑1 (MQ=255) tattCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATc < 2:683620/148‑1 (MQ=255) ttCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCt > 2:2664532/1‑148 (MQ=255) 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aaaCCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCGACGGGCAgat > 2:2535993/1‑148 (MQ=255) aaaCCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCGACGGGCAgat > 2:1106460/1‑148 (MQ=255) aaaCCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCGACGGGCAgat < 2:1207323/148‑1 (MQ=255) aaCCGGGCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCGACGGGCAgatt > 2:140406/1‑148 (MQ=255) gggCGACAGGTGGCTATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCGACGGGCAgattgatt < 2:861144/148‑1 (MQ=255) 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ggCTATGGGGCTGGGTGGGCTGGTTGTGATTGAAGATTACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACTGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGAt < 1:2986448/148‑1 (MQ=255) | GCTGGAAGTACCGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAATTATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAGCACGGCAAAACCGGGCGACAGGTGGCGATGGGGCTGGCTGGGCTGGTGGTGATTGAAGATGACGAGATCCTGAAATTAATGCTGCCAAAACAGTGGGGTATCGATGATGTTCCGGTGATCGTTCAGGATAAGAAATTTAGCGCCGACGGGCAGATTGATTATCAACTGGAT > CP009273/133881‑134172 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |