| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,368,223 | G→T | 17.8% | G249C (GGT→TGT) | ycjO → | inner membrane putative ABC superfamily sugar transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,368,223 | 0 | G | T | 17.8% | 448.9 / 52.2 | 162 | G249C (GGT→TGT) | ycjO | inner membrane putative ABC superfamily sugar transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (56/76); new base T (14/16); total (70/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
GATGGCGCTAATGCCTGGCAACGGTTTCGTATCGTCACGCTGCCCGCAATTATGCCGGTCCTGGCGACGGTGGTGACACTGCGCACCATCTGGATGTTCTACATGTTCGCGGATGTTTATTTGCTGACGACCAAGGTCGATATTCTCGGTGTATATCTCTACAAAACCGCCTTTGCCTTTAATGATTTAGGAAAAGCGGCGGCGATCTCGGTGGTGCTCTTCATCATTATTTTCGCTGTCATTCTGCTGACCAGGAAACGGGTGAACCTCAATGGCAACAAATAAACGCACACTC > CP009273/1368076‑1368370 | gatggCGCTAATGCCTGGCAACGGTTTCGTATCGTCACGCTGCCCGCAATTATGCCGGTCCTGGCGACGGTGGTGACACTGCGCACCATCTGGATGTTCTACATGTTCGCGGATGTTTATTTGCTGACGACCAAGGTCGATATTCTCg > 2:1233488/1‑148 (MQ=255)gatggCGCTAATGCCTGGCAACGGTTTCGTATCGTCACGCTGCCCGCAATTATGCCGGTCCTGGCGACGGTGGTGACACTGCGCACCATCTGGATGTTCTACATGTTCGCGGATGTTTATTTGCTGACGACCAAGGTCGATATTCTCg > 2:1232380/1‑148 (MQ=255) atggCGCTAATGCCTGGCAACGGTTTCGTATCGTCACGCTGCCCGCAATTATGCCGGTCCTGGCGACGGTGGTGACACTGCGCACCATCTGGATGTTCTACATGTTCGCGGATGTTTATTTGCTGACGACCAAGGTCGATATTCTCgg < 2:1734001/148‑1 (MQ=255) cgcTAATGCCTGGCAACGGTTTCGTATCGTCACGCTGCCCGCAATTATGCCGGTCCTGGCGACGGTGGTGACACTGCGCACCATCTGGATGTTCTACATGTTCGCGGATGTTTATTTGCTGACGACCAAGGTCGATATTCTCGGTGta < 1:2740407/148‑1 (MQ=255) gcTAATGCCTGGCAACGGTTTCGTATCGTCACGCTGCCCGCAATTATGCCGGTCCTGGCGACGGTGGTGACACTGCGCACCATCTGGATGTTCTACATGTTCGCGGATGTTTATTTGCTGACGACCAAGGTCGATATTCTCGGTGtat < 2:1358171/148‑1 (MQ=255) gcTAATGCCTGGCAACGGTTTCGTATCGTCACGCTGCCCGCAATTATGCCGGTCCTGGCGACGGTGGTGACACTGCGCACCATCTGGATGTTCTACATGTTCGCGGATGTTTATTTGCTGACGACCAAGGTCGATATTCTCGGTGtat < 2:2505739/148‑1 (MQ=255) cTAATGCCTGGCAACGGTTTCGTATCGTCACGCTGCCCGCAATTATGCCGGTCCTGGCGACGGTGGTGACACTGCGCACCATCTGGATGTTCTACATGTTCGCGGATGTTTATTTGCTGACGACCAAGGTCGATATTCTCTGTGtata < 1:1157348/148‑1 (MQ=255) cTAATGCCTGGCAACGGTTTCGTATCGTCACGCTGCCCGCAATTATGCCGGTCCTGGCGACGGTGGTGACACTGCGCACCATCTGGATGTTCTACATGTTCGCGGATGTTTATTTGCTGACGACCAAGGTCGATATTCTCGGTGtata < 2:2093235/148‑1 (MQ=255) tAATGCCTGGCAACGGTTTCGTATCGTCACGCTGCCCGCAATTATGCCGGTCCTGGCGACGGTGGTGACACTGCGCACCATCTGGATGTTCTACATGTTCGCGGATGTTTATTTGCTGACGACCAAGGTCGATATTCTCGGTGTatat < 2:1985577/148‑1 (MQ=255) tAATGCCTGGCAACGGTTTCGTATCGTCACGCTGCCCGCAATTATGCCGGTCCTGGCGACGGTGGTGACACTGCGCACCATCTGGATGTTCTACATGTTCGCGGATGTTTATTTGCTGACGACCAAGGTCGATATTCTCGGTGTatat < 2:1442062/148‑1 (MQ=255) aaTGCCTGGCAACGGTTTCGTATCGTCACGCTGCCCGCAATTATGCCGGTCCTGGCGACGGTGGTGACACTGCGCACCATCTGGATGTTCTACATGTTCGCGGATGTTTATTTGCTGACGACCAAGGTCGATATTCTCGGTGTATAtc > 2:30603/1‑148 (MQ=255) tGCCTGGCAACGGTTTCGTATCGTCACGCTGCCCGCAATTATGCCGGTCCTGGCGACGGTGGTGACACTGCGCACCATCTGGATGTTCTACATGTTCGCGGATGTTTATTTGCTGACGACCAAGGTCGATATTCTCGGTGTATAtctc < 2:1490037/148‑1 (MQ=255) tGGCAACGGTTTCGTATCGTCACGCTGCCCGCAATTATGCCGGTCCTGGCGACGGTGGTGACACTGCGCACCATCTGGATGTTCTACATGTTCGCGGATGTTTATTTGCTGACGACCAAGGTCGATATTCTCGGTGTATATCTCTACa > 1:2654012/1‑148 (MQ=255) tGGCAACGGTTTCGTATCGTCACGCTGCCCGCAATTATGCCGGTCCTGGCGACGGTGGTGACACTGCGCACCATCTGGATGTTCTACATGTTCGCGGATGTTTATTTGCTGACGACCAAGGTCGATATTCTCGGTGTATATCTCTACa > 2:523729/1‑148 (MQ=255) cAACGGTTTCGTATCGTCACGCTGCCCGCAATTATGCCGGTCCTGGCGACGGTGGTGACACTGCGCACCATCTGGATGTTCTACATGTTCGCGGATGTTTATTTGCTGACGACCAAGGTCGATATTCTCGGTGTATATCTCTACaaaa < 2:121897/148‑1 (MQ=255) cAACGGTTTCGTATCGTCACGCTGCCCGCAATTATGCCGGTCCTGGCGACGGTGGTGACACTGCGCACCATCTGGATGTTCTACATGTTCGCGGATGTTTATTTGCTGACGACCAAGGTCGATATTCTCGGTGTATATCTCTACaaaa > 2:2968488/1‑148 (MQ=255) aCGGTTTCGTATCGTCACGCTGCCCGCAATTATGCCGGTCCTGGCGACGGTGGTGACACTGCGCACCATCTGGATGTTCTACATGTTCGCGGATGTTTATTTGCTGACGACCAAGGTCGATATTCTCGGTGTATATCTCTACAAAAcc > 1:1645872/1‑148 (MQ=255) cGGTTTCGTATCGTCACGCTGCCCGCAATTATGCCGGTCCTGGCGACGGTGGTGACACTGCGCACCATCTGGATGTTCTACATGTTCGCGGATGTTTATTTGCTGACGACCAAGGTCGATATTCTCGGTGTATATCTCTACAAAACCg > 1:2015489/1‑148 (MQ=255) cGGTTTCGTATCGTCACGCTGCCCGCAATTATGCCGGTCCTGGCGACGGTGGTGACACTGCGCACCATCTGGATGTTCTACATGTTCGCGGATGTTTATTTGCTGACGACCAAGGTCGATATTCTCGGTGTATATCTCTACAAAACCg > 2:1033670/1‑148 (MQ=255) 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tctcTGTGTATATCTCTACAAAACCGCCTTTGCCTTTAATGATTTAGGAAAAGCGGCGGCGATCTCGGTGGTGCTCTTCATCATTATTTTCGCTGTCATTCTGCTGACCAGGAAACGGGTGAACCTCAATGGCACCAAATAAACGcac > 2:719743/1‑148 (MQ=255) | GATGGCGCTAATGCCTGGCAACGGTTTCGTATCGTCACGCTGCCCGCAATTATGCCGGTCCTGGCGACGGTGGTGACACTGCGCACCATCTGGATGTTCTACATGTTCGCGGATGTTTATTTGCTGACGACCAAGGTCGATATTCTCGGTGTATATCTCTACAAAACCGCCTTTGCCTTTAATGATTTAGGAAAAGCGGCGGCGATCTCGGTGGTGCTCTTCATCATTATTTTCGCTGTCATTCTGCTGACCAGGAAACGGGTGAACCTCAATGGCAACAAATAAACGCACACTC > CP009273/1368076‑1368370 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |