| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,369,511 | G→T | 5.5% | D98Y (GAC→TAC) | ycjQ → | putative Zn‑dependent NAD(P)‑binding oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,369,511 | 0 | G | T | 5.5% | 682.7 / 10.7 | 180 | D98Y (GAC→TAC) | ycjQ | putative Zn‑dependent NAD(P)‑binding oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (101/69); new base T (7/3); total (108/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
GCCCGTTTATTGATGAAGACTTTAACGGCGAATGGCAGATGTTCACTCCGCGTCCGGCAGATGCGCCGCGCGGCATTGAGTTTGGCAAATTCCAGCTTGGCAACATGGTGGTTGGCGACATTATCGAGTGCGGCAGCGACGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCC > CP009273/1369365‑1369657 | gCCCGTTTATTGATGAAGACTTTAACGGCGAATGGCAGATGTTCACTCCGCGTCCGGCAGATGCGCCGCGCGGCATTGAGTTTGGCAAATTCCAGCTTGGCAACATGGTGGTTGGCGACATTATCGAGTGCGGCAGCGACGTTACCGa < 1:3235678/148‑1 (MQ=255)gCCCGTTTATTGATGAAGACTTTAACGGCGAATGGCAGATGTTCACTCCGCGTCCGGCAGATGCGCCGCGCGGCATTGAGTTTGGCAAATTCCAGCTTGGCAACATGGTGGTTGGCGACATTATCGAGTGCGGCAGCGACGTTACCGa > 1:992374/1‑148 (MQ=255) cccGTTTATTGATGAAGACTTTAACGGCGAATGGCAGATGTTCACTCCGCGTCCGGCAGATGCGCCGCGCGGCATTGAGTTTGGCAAATTCCAGCTTGGCAACATGGTGGTTGGCGACATTATCGAGTGCGGCAGCGACGTTACCGAc < 2:347384/148‑1 (MQ=255) ccGTTTATTGATGAAGACTTTAACGGCGAATGGCAGATGTTCACTCCGCGTCCGGCAGATGCGCCGCGCGGCATTGAGTTTGGCAAATTCCAGCTTGGCAACATGGTGGTTGGCGACATTATCGAGTGCGGCAGCGACGTTACCGACt > 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aGACTTTAACGGCGAATGGCAGATGTTCACTCCGCGTCCGGCAGATGCGCCGCGCGGCATTGAGTTTGGCAAATTCCAGCTTGGCAACATGGTGGTTGGCGACATTATCGAGTGCGGCAGCGACGTTACCGACTACGCGGTGGGCGAc < 1:2877361/148‑1 (MQ=255) gACTTTAACGGCGAATGGCAGATGTTCACTCCGCGTCCGGCAGATGCGCCGCGCGGCATTGAGTTTGGCAAATTCCAGCTTGGCAACATGGTGGTTGGCGACATTATCGAGTGCGGCAGCGACGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACa > 2:2307475/1‑148 (MQ=255) gACTTTAACGGCGAATGGCAGATGTTCACTCCGCGTCCGGCAGATGCGCCGCGCGGCATTGAGTTTGGCAAATTCCAGCTTGGCAACATGGTGGTTGGCGACATTATCGAGTGCGGCAGCGACGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACa > 2:239476/1‑148 (MQ=255) aCTTTAACGGCGAATGGCAGATGTTCACTCCGCGTCCGGCAGATGCGCCGCGCGGCATTGAGTTTGGCAAATTCCAGCTTGGCAACATGGTGGTTGGCGACATTATCGAGTGCGGCAGCGACGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACAg < 2:2301720/148‑1 (MQ=255) tttAACGGCGAATGGCAGATGTTCACTCCGCGTCCGGCAGATGCGCCGCGCGGCATTGAGTTTGGCAAATTCCAGCTTGGCAACAGGGTGGTTGGCGACATTATCGAGTGCGGCAGCGACGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCg > 2:3042915/1‑148 (MQ=255) 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tttGGCAAATTCCAGCTTGGCAACATGGTGGTTGGCGACATTATCGTGTGCGGCAGCGACGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGc < 1:1128441/148‑1 (MQ=255) tttGGCAAATTCCAGCTTGGCAACATGGTGGTTGGCGACATTATCGAGTGCGGCAGCGACGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGc > 1:1536094/1‑148 (MQ=255) taaggCAAATACCAGCTTGGCAACATGGTGGTTGGCGACATTATCGAGTGCGGCAGCGACGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACaatc > 2:3065519/4‑146 (MQ=255) tGGCAAATTCCAGCTTGGCAACATGGTGGTTGGCGACATTATCGAGTGCGGCAGCGACGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTg < 2:2313027/148‑1 (MQ=255) tGGCAAATTCCAGCTTGGCAACATGGTGGTTGGCGACATTATCGAGTGCGGCAGCGACGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTg < 1:3096971/148‑1 (MQ=255) 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cATTATCGAGTGCGGCAGCGACGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGcc > 1:2844142/1‑148 (MQ=255) aTTATCGAGTGCGGCAGCGACGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCg > 2:152187/1‑148 (MQ=255) tATCGAGTGCGGCAGCGACGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTc > 1:2097847/1‑148 (MQ=255) tCGAGTGCGGCAGCGACGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTg > 2:1421786/1‑148 (MQ=255) tCGAGTGCGGCAGCGACGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTg > 2:662693/1‑148 (MQ=255) tCGAGTGCGGCAGCGACGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTg > 2:2130741/1‑148 (MQ=255) aGTGCGGCAGCGACGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGTATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTa < 2:2650868/148‑1 (MQ=255) aGTGCGGCAGCGACGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTa > 1:1475428/1‑148 (MQ=255) tGCGGCAGCGACGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACg > 1:1491854/1‑148 (MQ=255) tGCGGCAGCGACGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACg > 1:2801096/1‑148 (MQ=255) cAGCGACGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCg > 2:2367246/1‑148 (MQ=255) aCGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCa > 2:1334520/1‑148 (MQ=255) cGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAg < 1:1596014/148‑1 (MQ=255) cGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAg > 2:3238717/1‑148 (MQ=255) ttACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATCACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGtt > 1:3186648/1‑148 (MQ=255) tACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGttt > 2:2283351/1‑148 (MQ=255) tACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGttt > 2:618617/1‑148 (MQ=255) tACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGttt > 2:1094248/1‑148 (MQ=255) cGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGcc < 1:1232023/148‑1 (MQ=255) cGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGcc > 2:518401/1‑148 (MQ=255) cGACTACGCGGTGGGCGACAGCGGATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTCCAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCCGTTTGcc > 2:2222499/1‑148 (MQ=255) | GCCCGTTTATTGATGAAGACTTTAACGGCGAATGGCAGATGTTCACTCCGCGTCCGGCAGATGCGCCGCGCGGCATTGAGTTTGGCAAATTCCAGCTTGGCAACATGGTGGTTGGCGACATTATCGAGTGCGGCAGCGACGTTACCGACTACGCGGTGGGCGACAGCGTATGCGGCTACGGCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCC > CP009273/1369365‑1369657 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |