| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,437,198 | C→A | 24.3% | intergenic (‑98/‑110) | ldhA ← / → ydbH | fermentative D‑lactate dehydrogenase, NAD‑dependent/putative membrane‑anchored protein, function unknown |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,437,198 | 0 | C | A | 24.3% | 382.3 / 92.3 | 168 | intergenic (‑98/‑110) | ldhA/ydbH | fermentative D‑lactate dehydrogenase, NAD‑dependent/putative membrane‑anchored protein, function unknown |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (71/56); new base A (21/20); total (92/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
TGCAGGTACTTCTTGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCATGCTGGGTAAATATAAAGCCGTTCTCGCGCTGTTATT > CP009273/1437051‑1437345 | tGCAGGTACTTCTTGTCGTACTGTTTTGTGCTATACACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATtc < 1:898822/148‑1 (MQ=255)tGCAGGTACTTCTTGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATtc > 2:106294/1‑148 (MQ=255) cAGGTACTTCTTGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATtcat < 2:174513/148‑1 (MQ=255) aCTTCTTGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATcaaca > 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catcaACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCATGCTGGGTAAATATAAAGCCGTTCTCGCGCTGttatt > 2:2635562/1‑148 (MQ=255) | TGCAGGTACTTCTTGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCATGCTGGGTAAATATAAAGCCGTTCTCGCGCTGTTATT > CP009273/1437051‑1437345 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |