Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,482,005 | G→T | 89.9% | D172Y (GAT→TAT) | ydcF → | DUF218 superfamily protein, SAM‑binding |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,482,005 | 0 | G | T | 89.9% | 511.2 / 53.8 | 199 | D172Y (GAT→TAT) | ydcF | DUF218 superfamily protein, SAM‑binding |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/12); new base T (83/96); total (91/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.42e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 |
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
CAAACTGCGGTGAAAACGCACGCTTTAGCATCGCGCTATTGAATCAGGCCGTAGAACGAGTTCATACGGCTATCGTTGTTCAGGACCCCACCATGCAGCGGCGCACGATGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCGATGCACCACGCTGGTTAAGTTATCCCGGATTCGTTCCTCAGTTAGGAAATAACGCAGACAGTGTAATCTTTATTAATCAGTTACAAGGATTATGGCCAGTTGAGCGTTATCTCTCACTACTCACTGGCGAGCTGCCGCGTTTAC > CP009273/1481862‑1482149 | aaCTGCGGTGAAAACGCACGCTTTAGCATCGCGCTATTGAATCAGGCCGTAGAACGAGTTCATACGGCTATCGTTGTTCAGGACCCCACCATGCAGCGGCGCACGATGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCGATGcac > 2:486251/1‑148 (MQ=255) aCTGCGGTGAAAACGCACGCTTTAGCATCGCGCTATTGAATCAGGCCGTAGAACGAGTTCATACGGCTATCGTTGTTCAGGACCCCACCATGCAGCGGCGCACGATGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCTATGcacc < 1:3067979/148‑1 (MQ=255) aCTGCGGTAAAAACGCACGCTTTAGCATCGCGCTATTGAATCAGGCCGTAGAACGAGTTCATACGGCTATCGTTGTTCAGGACCCCACCATGCAGCGGCGCACGATGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCTATGcacc > 1:2593898/1‑148 (MQ=255) cTGCGGTGAAAACGCACGCTTTAGCATCGCGCTATTGAATCAGGCCGTAGAACGAGTTCATACGGCTATCGTTGTTCAGGACCCCACCATGCAGCGGCGCACGATGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCTATGcacca < 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acgcacgcTTTAGCATCGCGCTATTGAATCAGGCCGTAGAACGAGTTCATACGGCTATCGTTGTTCAGGACCCCACCATGCAGCGGCGCACGATGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGGTTAAg > 2:574251/1‑148 (MQ=255) cgcacgcTTTAGCATCGCGCTATTGAATCAGGCCGTAGAACGAGTTCATACGGCTATCGTTGTTCAGGACCCCACCATGCAGCGGCGCACGATGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGGTTAAGt < 2:1922395/148‑1 (MQ=255) cgcacgcTTTAGCATCGCGCTATTGAATCAGGCCGTAGAACGAGTTCATACGGCTATCGTTGTTCAGGACCCCACCATGCAGCGGAGCACGATGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGGTTAAGt > 2:3302899/1‑148 (MQ=255) cgcTTTAGCATCGCGCTATTGAATCAGGCCGTAGAACGAGTTCATACGGCTATCGTTGTTCAGGACCCCACCATGCAGCGGCGCACGATGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGGTTAAGTTATc > 2:607840/1‑148 (MQ=255) cgcTTTAGCATCGCGCTATTGAATCAGGCCGTAGAACGAGTTCATACGGCTATCGTTGTTCAGGACCCCACCATGCAGCGGCGCACGATGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGGTTAAGTTATc > 2:2271815/1‑148 (MQ=255) 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aTCGCGCTATTGAATCAGGCCGTAGAACGAGTTCATACGGCTATCGTTGTTCAGGACCCCACCATGCAGCGGCGCACGATGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGGTTAAGTTATCCCGGATTCg > 1:123971/1‑148 (MQ=255) tCGCGCTATTGAATCAGGCCGTAGAACGAGTTCATACGGCTATCGTTGTTCAGGACCCCACCATGCAGCGGCGCACGATGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGGTTAAGTTATCCCGGATTCGt > 1:1447013/1‑148 (MQ=255) cgcgCTATTGAATCAGGCCGTAGAACGAGTTCATACGGCTATCGTTGTTCAGGACCCCACCATGCAGCGGCGCACGATGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGGTTAAGTTATCCCGGATTCGtt > 1:1559848/1‑148 (MQ=255) cgcgCTATTGAATCAGGCCGTAGAACGAGTTCATACGGCTATCGTTGTTCAGGACCCCACCATGCAGCGGCGCACGATGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGGTTAAGTTATCCCGGATTCGtt > 1:1172694/1‑148 (MQ=255) cgcgCTATTGAATCAGGCCGTAGAACGAGTTCATACGGCTATCGTTGTTCAGGACCCCACCATGCAGCGGCGCACGATGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGGTTAAGTTATCCCGGATTCGtt > 2:1190685/1‑148 (MQ=255) 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tAGAACGAGTTCATACGGCTATCGTTGTTCAGGACCCCACCATGCAGCGGCGCACGATGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGGTTAAGTTATCCCGGATTCGTTCCTCAGTTAGGAAATAACGc > 2:1832247/1‑148 (MQ=255) aGAACGAGTTCATACGGCTATCGTTGTTCAGGACCCCACCATGCAGCGGCGCACGATGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGGTTAAGTTATCCCGGATTCGTTCCTCAGTTAGGAAATAACGCa < 1:1841285/148‑1 (MQ=255) aGAACGAGTTCATACGGCTATCGTTGTTCAGGACCCCACCATGCAGCGGCGCACGATGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGGTTAAGTTATCCCGGATTCGTTCCTCAGTTAGGAAATAACGCa < 1:1656191/148‑1 (MQ=255) gAACGAGTTCATACGGCTATCGTTGGTCAGGACCCCACCATGCAGCGGCGCACGATGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGGTTAAGTTATCCCGGATTCGTTCCTCAGTTAGGAAATAACGCAg < 2:1195588/148‑1 (MQ=255) aaCGAGTTCATACGGCTATCGTTGTTCAGGACCCCACCATGCAGCGGCGCACGATGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGGTTAAGTTATCCCGGATTCGTTCCTCAGTTAGGAAATAACGCAGa < 1:1180752/148‑1 (MQ=255) 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cGATGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGTTTAAGTTATCCCGGATTCGTTCCTCAGTTAGGAAATAACGCAGACAGTGTAATCTTTATTAATCAGTTACAAGGATTATGGCCAGTTGAGCGTTa > 1:1785032/1‑148 (MQ=255) cGATGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGGTTAAGTTATCCCGGATTCGTTCCTCAGTTAGGAAATAACGCAGACAGTGTAATCTTTATTAATCAGTTACAAGGATTATGGCCAGTTGAGCGTTa > 2:1340390/1‑148 (MQ=255) aTGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGGTTAAGTTATCCCGGATTCGTTCCTCAGTTAGGAAATAACGCAGACAGTGTAATCTTTATTAATCAGTTACAAGGATTATGGCCAGTTGAGCGTTAtc > 1:8898/1‑148 (MQ=255) aTGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGGTTAAGTTATCCCGGATTCGTTCCTCAGTTAGGAAATAACGCAGACAGTGTAATCTTTATTAATCAGTTACAAGGATTATGGCCAGTTGAGCGTTAtc > 2:2849214/1‑148 (MQ=255) aTGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGGTTAAGTTATCCCGGATTCGTTCCTCAGTTAGGAAATAACGCAGACAGTGTAATCTTTATTAATCAGTTACAAGGATTATGGCCAGTTGAGCGTTAtc > 1:1400726/1‑148 (MQ=255) 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tATGACTGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGGTTAAGTTATCCCGGATTCGTTCCTCAGTTAGGAAATAACGCAGACAGTGTAATCTTTATTAATCAGTTACAAGGATTATGGCCAGTTGAGCGTTATCTCTCACTACTCACTGGc > 1:294267/1‑148 (MQ=255) aTGACTGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGGTTAAGTTATCCCGGATTCGTTCCTCAGTTAGGAAATAACGCAGACAGTGTAATCTTTATTAATCAGTTACAAGGATTATGGCCAGTTGAGCGTTATCTCTCACTACTCACTGGCg > 2:1075648/1‑148 (MQ=255) tGACTGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGGTTAAGTTATCCCGGATTCGTTCCTCAGTTAGGAAATAACGCAGACAGTGTAATCTTTATTAATCAGTTACAAGGATTATGGCCAGTTGAGCGTTATCTCTCACTACTCACTGGCGa > 2:2366313/1‑148 (MQ=255) aCTGGGGACAATCCCGATGCACCACGCTGGTTAAGTTATCCCGGATTCGTTCCTCAGTTAGGAAATAACGCAGACAGTGTAATCTTTATTAATCAGTTACAAGGATTATGGCCAGTTGAGCGTTATCTCTCACTACTCACTGGCGAGc < 2:1540653/148‑1 (MQ=255) tGGGGACAATCCCTATGCACCACGCTGGTTAAGTTATCCCGGATTCGTTCCTCAGTTAGGAAATAACGCAGACAGTGTAATCTTTATTAATCAGTTACAAGGATTATGGCCAGTTGAGCGTTATCTCTCACTACTCACTGGCGAGCTg > 1:164516/1‑148 (MQ=255) 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aaTCCCTATGCACCACGCTGGTTAAGTTATCCCGGATTCGTTCCTCAGTTAGGAAATAACGCAGACAGTGTAATCTTTATTAATCAGTTACAAGGATTATGGCCAGTTGAGCGTTATCTCTCACTACTCACTGGCGAGCTGCCGCGtt > 1:973322/1‑148 (MQ=255) | CAAACTGCGGTGAAAACGCACGCTTTAGCATCGCGCTATTGAATCAGGCCGTAGAACGAGTTCATACGGCTATCGTTGTTCAGGACCCCACCATGCAGCGGCGCACGATGGCGACGTTCCGCCGTATGACTGGGGACAATCCCGATGCACCACGCTGGTTAAGTTATCCCGGATTCGTTCCTCAGTTAGGAAATAACGCAGACAGTGTAATCTTTATTAATCAGTTACAAGGATTATGGCCAGTTGAGCGTTATCTCTCACTACTCACTGGCGAGCTGCCGCGTTTAC > CP009273/1481862‑1482149 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |