| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,520,565 | T→A | 10.4% | L21Q (CTG→CAG) | yncG → | glutathione S‑transferase homolog |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 1,520,565 | 0 | T | A | 10.4% | 780.7 / 66.5 | 260 | L21Q (CTG→CAG) | yncG | glutathione S‑transferase homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (119/114); new base A (10/17); total (129/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
CAACTGACGAAAAAATGACAAATCCTTTTGCTGGTTAACCTGTGTACTGTCCTACACTTAATCTTTAAAAGATTGTGAGGGGCATATGATTAAGGTGTATGGCGTACCCGGATGGGGCTCTACAATCAGTGAGCTGATGCTAACACTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGTTTTGACCACGAGGGAGCTTCACGCGAGTTATTGAAAACCCTGAACCCGTTGTGTCAGGTTCCGACACTGGCATTGGAAAATGACGAGATTATGACGGAGACAGCGGCG > CP009273/1520419‑1520710 | cAACTGACGAAAAAATGACAAATCCTTTTGCTGGTTAACCTGTGTACTGTCCTACACTTAATCTTTAAAAGATTGTGAGGGGCATATGATTAAGGTGTATGGCGTACCCGGATGGGGCTCTACAATCAGTGAGCTGATGCTAACACTg > 2:1870549/1‑148 (MQ=255) aaCTGACGAAAAAATGACAAATCCTTTTGCTGGTTAACCTGTGTACTGTCCTACACTTAATCTTTAAAAGATTGTGAGGGGCATATGATTAAGGTGTATGGCGTACCCGGATGGGGCTCTACAATCAGTGAGCTGATGCTAACACAgg < 1:610594/148‑1 (MQ=255) aCTGACGAAAAAATGACAAATCCTTTTGCTGGTTAACCTGTGTACTGTCCTACACTTAATCTTTAAAAGATTGTGAGGGGCATATGATTAAGGTGTATGGCGTACCCGGATGGGGCTCTACAATCAGTGAGCTGATGCTAACACTGGc < 1:2309367/148‑1 (MQ=255) aCGAAAAAATGACAAATCCTTTTGCTGGTTAACCTGTGTACTGTCCTACACTTAATCTTTAAAAGATTGTGAGGGGCATATGATTAAGGTGTATGGCGTACCCGGATGGGGCTCTACAATCAGTGAGCTGATGCTAACACTGGCTGat > 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tGACAAATCCTTTTGCTGGTTAACCTGTGTACTGTCCTACACTTAATCTTTAAAAGATTGTGAGGGGCATATGATTAAGGTGTATGGCGTACCCGGATGGGGCTCTACAATCAGTGAGCTGATGCTAACACTGGCTGATATTCCTTAt < 2:2103197/148‑1 (MQ=255) gACAAATCCTTTTGCTGGTTAACCTGTGTACTGTCCTACACTTAATCTTTAAAAGATTGTGAGGGGCATATGATTAAGGTGTATGGCGTACCCGGATGGGGCTCTACAATCAGTGAGCTGATGCTAACACTGGCTGATATTCCTTATc > 2:63932/1‑148 (MQ=255) aCAAATCCTTTTGCTGGTTAACCTGTGTACTGTCCTACACTTAATCTTTAAAAGATTGTGAGGGGCATATGATTAAGGTGTATGGCGTACCCGGATGGGGCTCTACAATCAGTGAGCTGATGCTAACACTGGCTGATATTCCTTATCa < 1:1630202/148‑1 (MQ=255) ccTTTTGCTGGTTAACCTGTGTACTGTCCTACACTTAATCTTTAAAAGATTGTGAGGGGCATATGATTAAGGTGTATGGCGTACCCGGATGGGGCTCTACAATCAGTGAGCTGATGCTAACACTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGt < 2:1203279/148‑1 (MQ=255) ttttGCTGGTTAACCTGTGTACTGTCCTACACTTAATCTTTAAAAGATTGTGAGGGGCATATGATTAAGGTGTATGGGGTACCCGGATGGGGCTCTACAATCAGTGAGCTGATGCTAACACTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTg < 2:2359272/148‑1 (MQ=255) tttGCTGGTTAACCTGTGTACTGTCCTACACTTAATCTTTAAAAGATTGTGAGGGGCATATGATTAAGGTGTATGGCGTACCCGGATGGGGCTCTACAATCAGTGAGCTGATGCTAACACTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGa > 1:3033018/1‑148 (MQ=255) gCTGGTTAACCTGTGTACTGTCCTACACTTAATCTTTAAAAGATTGTGAGGGGCATATGATTAAGGTGTATGGCGTACCCGGATGGGGCTCTACAATCAGTGAGCTGATGCTAACACTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGt < 1:1970955/148‑1 (MQ=255) cTGGTTAACCTGTGTACTGTCCTACACTTAATCTTTAAAAGATTGTGAGGGGCATATGATTAAGGTGTATGGCGTACCCGGATGGGGCTCTACAATCAGTGAGCTGATGCTAACACTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTc < 2:2198473/148‑1 (MQ=255) gTTAACCTGTGTACTGTCCTACACTTAATCTTTAAAAGATTGTGAGGGGCATATGATTAAGGTGTATGGCGTACCCGGATGGGGCTCTACAATCAGTGAGCTGATGCTAACACAGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGt < 1:1758003/148‑1 (MQ=255) aaCCTGTGTACTGTCCTACACTTAATCTTTAAAAGATTGTGAGGGGCATATGATTAAGGTGTATGGCGTACCCGGATGGGGCTCTACAATCAGTGAGCTGATGCTAACACTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGt < 1:492974/148‑1 (MQ=255) 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ggCTCTACAATCAGTGAGCTGATGCTAACACTGGCCGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGTTTTGACCACGAGGGAGCTTCACGCGAGTTATTGAAAACCCTGAACCCGTTGTGTCAGGTTCCGACACTGGCATTGGaaa < 2:335771/148‑1 (MQ=255) ctACAATCAGTGAGCTGATGCTAACACTGTCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGTTTTGACCACGAGGGAGCTTCACGCGAGTTATTGAAAACCCTGAACCCGTTGTGTCAGGTTCCGACACTGGCATTGGAAAATGa < 2:2271695/148‑1 (MQ=255) ctACAATCAGTGAGCTGATGCTAACACAGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGTTTTGACCACGAGGGAGCTTCACGCGAGTTATTGAAAACCCTGAACCCGTTGTGTCAGGTTCCGACACTGGCATTGGAAAATGa < 2:3289174/148‑1 (MQ=255) aaTCAGTGAGCTGATGCTAACACTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGTTTTGACCACGAGGGAGCTTCACGCGAGTTATTGAAAACCCTGAACCCGTTGTGTCAGGTTCCGACACTGGCATTGGAAAATGACgag < 1:820228/148‑1 (MQ=255) tCAGTGAGCTGATGCTAACACTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGTTTTGACCACGAGGGAGCTTCACGCGAGTTATTGAAAACCCTGAACCCGTTGTGTCAGGTTCCGACACTGGCATTGGAAAATGACGAGAt > 1:2752716/1‑148 (MQ=255) cAGTGAGCTGATGCTAACACTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGTTTTGACCACGAGGGAGCTTCACGCGAGTTATTGAAAACCCTGAACCCGTTGTGTCAGGTTCCGACACTGGCATTGGAAAATGACGAGAtt < 1:2652316/148‑1 (MQ=255) cAGTGAGCTGATGCTAACACTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGTTTTGACCACGAGGGAGCTTCACGCGAGTTATTGAAAACCCTGAACCCGTTGTGTCAGGTTCCGACACTGGCATTGGAAAATGACGAGAtt > 1:3091048/1‑148 (MQ=255) cAGTGAGCTGATGCTAACACTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGTTTTGACCACGAGGGAGCTTCACGCGAGTTATTGAAAACCCTGAACCCGTTGTGTCAGGTTCCGACACTGGCATTGGAAAATGACGAGAtt > 1:399707/1‑148 (MQ=255) aGTGAGCTGATGCTAACACTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGTTTTGACCACGAGGGAGCTTCACGCGAGTTATTGAAAACCCTGAACCCGTTGTGTCAGGTTCCGACACTGGCATTGGAAAATGACGAGATTa < 2:955744/148‑1 (MQ=255) aGTGAGCTGATGCTAACACTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGTTTTGACCACGAGGGAGCTTCACGCGAGTTATTGAAAACCCTGAACCCGTTGTGTCAGGTTCCGACACTGGCATTGGAAAATGACGAGATTa < 2:1617671/148‑1 (MQ=255) tGAGCTGATGCTAACACAGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGTTTTGACCACGTGGGAGCTTCACGCGAGTTATTGAAAACCCTGAACCCGTTGTGTCAGGTTCCGACACTGGCATTGGAAAATGACGAGATTATg > 1:555061/1‑148 (MQ=255) aTGCTAACACTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGTTTTGACCACGAGGGAGCTTCACGCGAGTTATTGAAAACCCTGAACCCGTTGTGTCAGGTTCCGACACTGGCATTGGAAAATGACGAGATTATGACGgaga > 2:2972463/1‑148 (MQ=255) gCTAACACTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGTTTTGACCACGAGGGAGCTTCACGCGAGTTATTGAAAACCCTGAACCCGTTGTGTCAGGTTCCGACACTGGCATTGGAAAATGACGAGATTATGACGGAGACa > 1:2498962/1‑148 (MQ=255) cTAACACTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGTTTTGACCACGAGGGAGCTTCACGCGAGTTATTGAAAACCCTGAACCCGTTGTGTCAGGTTCCGACACTGGCATTGGAAAATGACGAGATTATGACGGAGACAg < 2:808151/148‑1 (MQ=255) tAACACTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGTTTTGACCACGAGGGAGCTTCACGCGAGTTATTGAAAACCCTGAACCCGTTGTGTCAGGTTCCGACACTGGCATTGGAAAATGACGAGATTATGACGGAGACCgc > 2:2609656/1‑148 (MQ=255) acacTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGTTTTGACCACGAGGGAGCTTCACGCGAGTTATTGAAAACCCTGAACCCGTTGTGTCAGGTTCCGACACTGGCATTGGAAAATGACGAGATTATGACGGAGACAgcgg > 2:2065420/1‑148 (MQ=255) acacTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGTTTTGACCACGAGGGAGCTTCACGCGAGTTATTGAAAACCCTGAACCCGTTGTGTCAGGTTCCGACACTGGCATTGGAAAATGACGAGATTATGACGGAGACAgcgg > 1:2771846/1‑148 (MQ=255) acacAGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGTTTTGACCACGAGGGAGCTTCACGCGAGTTATTGAAAACCCTGAACCCGTTGTGTCAGGTTCCGACACTGGCATTGGAAAATGACGAGATTATGACGGAGACAgcgg > 1:403476/1‑148 (MQ=255) cacTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGTTTTGACCACGAGGGAGCTTCACGCGAGTTATTGAAAACCCTGAACCCAATGTGTCAGGTTCCGACACTGGCATTGGAAAATGACGAGATTATGACGGAGACAgcggc > 1:2063882/1‑148 (MQ=255) acTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGTTTTGACCACGAGGGAGCTTCACGCGAGTTATTGAAAACCCTGAACCCGTTGTGTCAGGTTCCGACACTGGCATTGGAAAATGACGAGATTATGACGGAGACAgcggcg > 2:116237/1‑148 (MQ=255) acTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGTTTTGACCACGAGGGAGCTTCACGCGAGTTATTGAAAACCCTGAACCCGTTGTGTCAGGTTCCGACACTGGCATTGGAAAATGACGAGATTATGACGGAGACAgcggcg > 2:1790604/1‑148 (MQ=255) | CAACTGACGAAAAAATGACAAATCCTTTTGCTGGTTAACCTGTGTACTGTCCTACACTTAATCTTTAAAAGATTGTGAGGGGCATATGATTAAGGTGTATGGCGTACCCGGATGGGGCTCTACAATCAGTGAGCTGATGCTAACACTGGCTGATATTCCTTATCAGTTCGTTGATGTCAGTGGTTTTGACCACGAGGGAGCTTCACGCGAGTTATTGAAAACCCTGAACCCGTTGTGTCAGGTTCCGACACTGGCATTGGAAAATGACGAGATTATGACGGAGACAGCGGCG > CP009273/1520419‑1520710 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |