Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,539,827 | C→A | 90.7% | pseudogene (145/951 nt) | yddK ← | pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,539,827 | 0 | C | A | 90.7% | 583.5 / 48.4 | 222 | pseudogene (145/951 nt) | yddK | pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/10); new base A (77/124); total (88/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
TCCTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTCATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCAGTGATCA > CP009273/1539681‑1539970 | tCCTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTCa > 2:3678/1‑148 (MQ=255) tCCTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTCa > 2:1910701/1‑148 (MQ=255) tGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAttg < 2:2161964/148‑1 (MQ=255) aTAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAttggt < 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |