Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,550,117 | T→G | 19.0% | N35T (AAC→ACC) | sra ← | stationary‑phase‑induced ribosome‑associated protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,550,117 | 0 | T | G | 19.0% | 402.4 / 125.0 | 221 | N35T (AAC→ACC) | sra | stationary‑phase‑induced ribosome‑associated protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (105/74); new base G (23/19); total (128/93) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.29e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.51e-01 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
TCGTCTTTGCTTTACCGCCAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAGGACTGATGGTTATGAATTACTTTTCAGCGGGGCGTTTTCTGCCGGTTGGGTTATTTACTACGCTGGATTTGTCACCTTCGGTAACTATTTTGCGCTGGTTAGAAATTTTATGGTCCAGTCCAAGAATATGACGTGCCTGACGGTTCGATTTCATTTTAACTCCTCAATCCTGTAGCTAGTTTTAAGGACAACATCGCC > CP009273/1549970‑1550264 | gTCTTTGCTTTACCGCCAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAGGACTGATGGTTATGAATTACTTTTCAGCGGGGCGTTTTCTGCCGGTTGGGTTa > 2:2778735/1‑148 (MQ=255) gTCTTTGCTTTACCGCCAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAGGACTGATGGTTATGAATTACTTTTCAGCGGGGCGTTTTCTGCCGGTTGGGGTa < 2:366457/148‑1 (MQ=255) cTTTGCTTTACCGCCAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAGGACTGATGGTTATGAATTACTTTTCAGCGGGGCGTTTTCTGCCGGTTGGGTTAtt > 2:3077005/1‑148 (MQ=255) cTTTGCTTTACCGCCAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAGGACTGATGGTTATGAATTACTTTTCAGCGGGGCGTTTTCTGCCGGTTGGGTTAtt < 1:699869/148‑1 (MQ=255) ttGCTTTACCGCCAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAGGACTGATGGTTATGAATTACTTTTCAGCGGGGCGTTTTCTGCCGGTTGGGTTATTta < 1:2854933/148‑1 (MQ=255) ttGCTTTACCGCCAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAGGACTGATGGTTATGAATTACTTTTCAGCGGGGCGTTTTCTGCCGGTTGGGTTATTta > 1:2914716/1‑148 (MQ=255) tGCTTTACCGCCAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAGGACTGATGGTTATGAATTACTTTTCAGCGGGGCGTTTTCTGCCGGTTGGGTTATTtac < 2:196255/148‑1 (MQ=255) cTTTACCGCCAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAGGACTGATGGTTATGAATTACTTTTCAGCGGGGCGTTTTCTGCCGGTTGGGTTATTtacta > 2:1490022/1‑148 (MQ=255) ttACCGCCAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAGGACTGATGGTTATGAATTACTTTTCAGCGGGGCGTTTTCTGCCGGTTGGGTTATTTACTACg > 2:156233/1‑148 (MQ=255) 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cGTTTTCTGCCGGTTGGGTTATTTACTACGCTGGATTTGTCACCTTCGGTAACTATTTTGCGCTGGTTAGAAATTTTATGGTCCAGTCCAAGAATATGACGTGCCTGACGGTTCGATTTCATTTTAACTCCTCAATCCTGTAGCTAGt > 2:2719972/1‑148 (MQ=255) gTTTTCTGCCGGTTGGGGTATTTACTACGCTGGATTTGTCACCTTCGGTAACTATTTTGCGCTGGTTAGAAATTTTATGGTCCAGTCCAAGAATATGACGTGCCTGACGGTTCGATTTCATTTTAACTCCTCAATCCTGTAGCTAGtt < 2:2431268/148‑1 (MQ=255) gTTTTCTGCCGGTTGGGGTATTTACTACGCTGGATTTGTCACCTTCGGTAACTATTTTGCGCTGGTTAGAAATTTTATGGTCCAGTCCAAGAATATGACGTGCCTGACGGTTCGATTTCATTTTAACTCCTCAATCCTGTAGCTAGtt < 2:2431134/148‑1 (MQ=255) ttttCTGCCGGTTGGGGTATTTACTACGCTGGATTTGTCACCTTCGGTAACTATTTTGCGCTGGTTAGAAATTTTATGGTCCAGTCCAAGAATATGACGTGCCTGACGGTTCGATTTCATTTTAACTCCTCAATCCTGTAGCTAGttt > 1:1658345/1‑148 (MQ=255) tttCTGCCGGTTGGGTTATTTACTACGCTGGATTTGTCACCTTCGGTAACTATTTTGCGCTGGTTAGAAATTTTATGGTCCAGTCCAAGAATATGACGTGCCTGACGGTTCGATTTCATTTTAACTCCTCAATCCTGTAGCTAGtttt < 1:750808/148‑1 (MQ=255) tttCTGCCGGTTGGGTTATTTACTACGCTGGATTTGTCACCTTCGGTAACTATTTTGCGCTGGTTAGAAATTTTATGGTCCAGTCCAAGAATATGACGTGCCTGACGGTTCGATTTCATTTTAACTCCTCAATCCTGTAGCTAGtttt > 1:1007773/1‑148 (MQ=255) gTTGGGGTATTTACTACGCTGGATTTGTCACCTTCGGTAACTATTTTGCGCTGGTTAGAAATTTTATGGTCCAGTCCAAGAATATGACGTGCCTGACGGTTCGATTTCATTTTAACTCCTCAATCCTGTAGCTAGTTTTAAGGacaac < 2:1219099/148‑1 (MQ=255) gTTGGGGTATTTACTACGCTGGATTTGTCACCTTCGGTAACTATTTTGCGCTGGTTAGAAATTTTATGGTCCAGTCCAAGAATATGACGTGCCTGACGGTTCGATTTCATTTTAACTCCTCAATCCTGTAGCTAGTTTTAAGGacaac < 1:1587693/148‑1 (MQ=255) ggTTATTTACTACGCTGGATTTGTCACCTTCGGTAACTATTTTGCGCTGGTTAGAAATTTTATGGTCCAGTCCAAGAATATGACGTGCCTGACGGTTCGATTTCATTTTAACTCCTCAATCCTGTAGCTAGTTTTAAGGACAACATCg > 2:2049064/1‑148 (MQ=255) ttATTTACTACGCTGGATTTGTCACCTTCGGTAACTATTTTGCGCTGGTTAGAAATTTTATGGTCCAGTCCAAGAATATGACGTGCCTGACGGTTCGATTTCATTTTAACTCCTCAATCCTGTAGCTAGTTTTAAGGACAACATCGcc < 1:2540140/148‑1 (MQ=255) ttATTTACTACGCTGGATTTGTCACCTTCGGTAACTATTTTGCGCTGGTTAGAAATTTTATGGTCCAGTCCAAGAATATGACGTGCCTGACGGTTCGATTTCATTTTAACTCCTCAATCCTGTAGCTAGTTTTAAGGACAACATCGcc > 2:1337125/1‑148 (MQ=255) | TCGTCTTTGCTTTACCGCCAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAGGACTGATGGTTATGAATTACTTTTCAGCGGGGCGTTTTCTGCCGGTTGGGTTATTTACTACGCTGGATTTGTCACCTTCGGTAACTATTTTGCGCTGGTTAGAAATTTTATGGTCCAGTCCAAGAATATGACGTGCCTGACGGTTCGATTTCATTTTAACTCCTCAATCCTGTAGCTAGTTTTAAGGACAACATCGCC > CP009273/1549970‑1550264 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |