| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,570,826 | C→A | 87.9% | D351Y (GAC→TAC) | yddB ← | putative TonB‑dependent outer membrane receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,570,826 | 0 | C | A | 87.9% | 417.5 / 58.7 | 174 | D351Y (GAC→TAC) | yddB | putative TonB‑dependent outer membrane receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/10); new base A (78/75); total (89/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
AAACATTACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAGGTGCTGGT > CP009273/1570679‑1570970 | aaaCATTACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTc > 2:1061430/1‑148 (MQ=255) aaCATTACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCa > 1:3289284/1‑148 (MQ=255) atgaCCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGa < 2:2570639/145‑1 (MQ=255) aTTACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGa < 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cATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCAt < 1:1136224/148‑1 (MQ=255) cATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCAt < 1:744432/148‑1 (MQ=255) tatGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCAttt > 2:1467889/1‑148 (MQ=255) gTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTg > 2:1707952/1‑148 (MQ=255) ttCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGc > 2:430371/1‑148 (MQ=255) cGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCgg < 1:1085172/148‑1 (MQ=255) gtgtACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGa > 2:2327652/1‑148 (MQ=255) gtgtACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGa > 2:3273213/1‑148 (MQ=255) tgtACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGaa < 1:310478/148‑1 (MQ=255) gtACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAg < 1:1736761/148‑1 (MQ=255) tACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAgg < 1:1126274/148‑1 (MQ=255) aCCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAGGt > 1:421671/1‑148 (MQ=255) ccAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCCTAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAGGTg > 2:1754581/1‑148 (MQ=255) ccAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAGGTg > 1:3054492/1‑148 (MQ=255) cAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAGGTGc > 1:1883755/1‑148 (MQ=255) cAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAGGTGc < 1:3288444/148‑1 (MQ=255) | AAACATTACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAGGTGCTGGT > CP009273/1570679‑1570970 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |