| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,580,852 | C→A | 87.2% | intergenic (‑109/+225) | ydeP ← / ← ydeQ | putative oxidoreductase/putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,580,852 | 0 | C | A | 87.2% | 507.1 / 73.5 | 211 | intergenic (‑109/+225) | ydeP/ydeQ | putative oxidoreductase/putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/13); new base A (79/105); total (93/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |