| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,643,955 | C→A | 39.6% | A30A (GCC→GCA) | dicB → | Qin prophage; cell division inhibition protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,643,955 | 0 | C | A | 39.6% | 237.1 / 198.5 | 199 | A30A (GCC→GCA) | dicB | Qin prophage; cell division inhibition protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (61/59); new base A (39/39); total (100/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 | |||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
TCACCTGGAGGCACCAGGCACTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCCATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGGAGAG > CP009273/1643812‑1644101 | tCACCTGGAGGCACCAGGCACTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCCATTa < 2:1654688/148‑1 (MQ=255)tCACCTGGAGGCACCAGGCACTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCCATTa > 2:2855625/1‑148 (MQ=255) ctccTGGAGGCTCGAGGGACTGCATCACAAAATTCTTTGTTGAGGTCGCGATAATGAAAACGTTATTAGCAAAGGTTAATACGTCTGTAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTATCCCAGTATTTACTGATGATGCTATTat < 2:95872/146‑2 (MQ=255) cACCTGGAGGCACCAGGCACTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCCATTaa > 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ttACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCtt > 2:971425/1‑148 (MQ=255) aGATGCCATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCg > 2:1949460/1‑148 (MQ=255) gATGCCATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCgg > 1:2991577/1‑148 (MQ=255) tGCCATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGgag > 1:800899/1‑148 (MQ=255) gCCATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGgaga > 2:3244999/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |