| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,661,354 | C→A | 5.8% | A41A (GCG→GCT) | ynfK ← | putative dethiobiotin synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,661,354 | 0 | C | A | 5.8% | 751.6 / 13.4 | 197 | A41A (GCG→GCT) | ynfK | putative dethiobiotin synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (103/82); new base A (10/2); total (113/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.42e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
ATTGGGCAACTGTGCGCCACGCTACTTTCTTCTTCGCTTAACGCGATAGGATTAACTGCTTCATAAGGCAGTTCGATGGTTGAAACACTCTGCAACACCAGGGCATCTTTATTACGCAGCCCTTCGGGTGTCTCTTTGCTCCCCTTCGCTACGGGTTTATATCCCGCAACCGTTTTTCCCTGGGAGGCTAACGCTTGTAGCAATGCGCGGGAAACCACCGTTTTCCCTACAGAAGTGTCTGTACCGGTAATAAAGAAACGCTTCAGCATCACTAACTCCACCGTTATGCTTCAC > CP009273/1661208‑1661501 | tgGGCAACTGTGCGCCACGCTACTTTCTTCTTCGCTTAACGCGATAGGATTAACTGCTTCATAAGGCAGTTCGATGGTTGAAACACTCTGCAACACCAGGGCATCTTTATTACGCAGCCCTTCGGGTGTCTCTTTGCTCCCCTTCGCt > 1:1840531/1‑148 (MQ=255) cAACTGTGCGCCACGCTACTTTCTTCTTCGCTTAACGCGATAGGATTAACTGCTTCATAAGGCAGTTCGATGGTTGAAACACTCTGCAACACCAGGGCATCTTTATTACGCAGCCCTTCGCGTGTCTCTTTGCTCCCCTTCGCTACgg > 2:1852843/1‑148 (MQ=255) cAACTGTGCGCCACGCTACTTTCTTCTTCACTTAACGCGATAGGATTAACTGCTTCATAAGGCAGTTCGATGGTTGAAACACTCTGCAACACCAGGGCATCTTTATTACGCAGCCCTTCGGGTGTCTCTTTGCTCCCCTTCGCTACgg > 2:3065245/1‑148 (MQ=255) tgtgCGCCACGCTACTTTCTTCTTCGCTTAACGCGATAGGATTAACTGCTTCATAAGGCAGTTCGATGGTTGAAACACTCTGCAACACCAGGGCATCTTTATTACGCAGCCCTTCGGGTGTCTCTTTGCTCCCCTTCGCTACGGGttt 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cTTCGCTACGGGTTTATATCCCGCAACCGATTTTCCATGGGAGGCTAACGCTTGTAGCAAAGCGCGGGAAACCACCGTTTTAACTACAGAAGAGTCTGTACCTGTAATAAATAAACGCTTCAGCATCACTAACTCCACCGATATGCtt > 1:2977473/1‑148 (MQ=255) | ATTGGGCAACTGTGCGCCACGCTACTTTCTTCTTCGCTTAACGCGATAGGATTAACTGCTTCATAAGGCAGTTCGATGGTTGAAACACTCTGCAACACCAGGGCATCTTTATTACGCAGCCCTTCGGGTGTCTCTTTGCTCCCCTTCGCTACGGGTTTATATCCCGCAACCGTTTTTCCCTGGGAGGCTAACGCTTGTAGCAATGCGCGGGAAACCACCGTTTTCCCTACAGAAGTGTCTGTACCGGTAATAAAGAAACGCTTCAGCATCACTAACTCCACCGTTATGCTTCAC > CP009273/1661208‑1661501 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |