| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,755,150 | A→T | 36.8% | L300* (TTG→TAG) | sufD ← | component of SufBCD Fe‑S cluster assembly scaffold |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 1,755,150 | 0 | A | T | 36.8% | 162.4 / 189.8 | 163 | L300* (TTG→TAG) | sufD | component of SufBCD Fe‑S cluster assembly scaffold |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/62); new base T (26/34); total (67/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
AGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGTATCACACACCTCGTTTTTCACCGGCATCGCCAGGCTATTGATCCGCAGCGTGCTGTTTTCGCCATTGAGTTGCGTACTGGTGTTGTGTCGTA > CP009273/1755003‑1755291 | aGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGGTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCa > 1:853398/1‑148 (MQ=255) gCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTg < 1:2863678/148‑1 (MQ=255) gCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTg > 1:2101797/1‑148 (MQ=255) cGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGt < 1:347806/148‑1 (MQ=255) tttCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCgg < 2:431434/148‑1 (MQ=255) ttCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGc < 1:1894389/148‑1 (MQ=255) cGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGACGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTg < 2:40037/148‑1 (MQ=255) aCTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACaaa > 1:1617427/1‑148 (MQ=255) cTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACaaaa > 1:1582075/1‑148 (MQ=255) tCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAAc > 2:3262130/1‑148 (MQ=255) ccGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAAcc < 1:3158300/148‑1 (MQ=255) ccAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGTCGGCTGTTACAAAAACCttt < 1:1767024/148‑1 (MQ=255) cAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTa < 2:1223574/148‑1 (MQ=255) gTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTAtt < 2:453538/148‑1 (MQ=255) tttGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATtg < 2:1826364/148‑1 (MQ=255) cATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTc < 1:1312384/147‑1 (MQ=255) cATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTcc < 1:1856304/148‑1 (MQ=255) cagcagATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTccggc > 2:1282191/1‑148 (MQ=255) cagcagATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTccagc > 2:1332559/1‑148 (MQ=255) cagcagATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTccagc > 2:2980113/1‑148 (MQ=255) gcagATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTccagcca < 1:2828869/148‑1 (MQ=255) agATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGAGGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAgg < 2:1905213/148‑1 (MQ=255) aTTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTa < 2:258035/148‑1 (MQ=255) aTTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTa < 2:2243143/148‑1 (MQ=255) ttgttgttgGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTAc > 2:1774662/1‑148 (MQ=255) tgttgttgGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACg > 2:2256208/1‑148 (MQ=255) tgttgttgGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACg > 2:1002093/1‑148 (MQ=255) tgttgttgGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACg > 2:2655892/1‑148 (MQ=255) tgttgGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGt < 2:2604483/148‑1 (MQ=255) tgGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGTATc < 2:1617427/148‑1 (MQ=255) tCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGTATcaca < 2:549007/148‑1 (MQ=255) tCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGTATcaca > 2:688390/1‑148 (MQ=255) cATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGTATcacac > 1:145093/1‑148 (MQ=255) cATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGTATcacac < 1:2701296/148‑1 (MQ=255) tCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGTATCacacac < 2:910811/148‑1 (MQ=255) tCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGTATCacacac < 1:599639/148‑1 (MQ=255) tCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCATTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGTATCacacac > 1:1140930/1‑148 (MQ=255) cTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCTCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGTATCACACAcc > 1:3011372/1‑148 (MQ=255) cTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGTATCACACAcc > 2:2083836/1‑148 (MQ=255) 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ttGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGTATCACACACCTCGTTTTTCACCGGCATCGCCAGGCTATTGATCCGCAGCGTGCTGTTTTCGCCATTGAGTTGCGTACTGGTGTTGTGTCGTa > 2:2169643/1‑148 (MQ=255) | AGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGTATCACACACCTCGTTTTTCACCGGCATCGCCAGGCTATTGATCCGCAGCGTGCTGTTTTCGCCATTGAGTTGCGTACTGGTGTTGTGTCGTA > CP009273/1755003‑1755291 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |