Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 172,107 | G→T | 9.6% | E172* (GAA→TAA) | clcA → | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 172,107 | 0 | G | T | 9.6% | 635.2 / 26.9 | 181 | E172* (GAA→TAA) | clcA | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (76/87); new base T (4/14); total (80/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.77e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
CTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATT > CP009273/171962‑172253 | cTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGaa < 2:3283871/148‑1 (MQ=255) tggtggCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACTAAg < 1:1000896/148‑1 (MQ=255) tggtggCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAg < 1:2587049/148‑1 (MQ=255) ggCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCg > 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aTTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACTAAGCTCGCCATACg < 2:236462/148‑1 (MQ=255) aTTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACg > 1:1313699/1‑148 (MQ=255) tGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACgct > 1:790579/1‑148 (MQ=255) gTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTgg > 2:1476691/1‑148 (MQ=255) tGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGc > 1:2892998/1‑148 (MQ=255) aaGGTCTTGGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCaa < 2:1812469/148‑1 (MQ=255) ttCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCg > 2:1976287/1‑148 (MQ=255) ttCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCg > 1:998481/1‑148 (MQ=255) ttCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCg > 1:617445/1‑148 (MQ=255) ttCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCg > 1:2653378/1‑148 (MQ=255) tttGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACTAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGtg < 2:2985123/148‑1 (MQ=255) ggCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGtgctg < 1:3083784/148‑1 (MQ=255) gggCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGtgctgctg < 1:15020/148‑1 (MQ=255) ggCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGtgctgctgc > 1:1558007/1‑148 (MQ=255) gggACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGggc > 1:321746/1‑148 (MQ=255) 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cGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGtatttatt < 1:849043/148‑1 (MQ=255) | CTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATT > CP009273/171962‑172253 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |