Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,817,659 | A→C | 8.1% | intergenic (+117/‑113) | nadE → / → cho | NAD synthetase, NH3/glutamine‑dependent/endonuclease of nucleotide excision repair |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,817,659 | 0 | A | C | 8.1% | 524.2 / 38.4 | 193 | intergenic (+117/‑113) | nadE/cho | NAD synthetase, NH3/glutamine‑dependent/endonuclease of nucleotide excision repair |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (90/87); new base C (11/5); total (101/92) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
TACCGTTTTCGATGATTTCTGGAAAAAGTAATAATTTGCACATATTGGATTGTGCGAAAAAGAGTAATTTGTTCACGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATTCGACCTATAAAACTATGCAAATTCAATACATTGCAGGAGTCGAATAGGCCTGACAGGCGTAGCACGTCAGACGGTGTAACCTTTGTCATCGACCCGCCTCTTTTTTAATCGCTTCCCGCCTGTTACACTGGATAGATAACCAGCATTCGGAGTCAACAGTGGTACGGCGTTTAACTTCTCCGCGGCTCGAAT > CP009273/1817512‑1817805 | tACCGTTTTCGATGATTTCTGGAAAAAGTAATAATTTGCACATATTGGATTGTGCGAAAAAGAGTAATTTGTTCACGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATTCGACCTATAAAACTATGCAAATTCAATACATTGAAGGAGTCGAATa > 2:1406131/1‑148 (MQ=255) gTTTTCGATGATTTCTGGAAAAAGTAATAATTTGCACATATTGGATTGTGCGAAAAAGAGTAATTTGTTCACGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATTCGACCTATAAAACTATGCAAATTCAATACATTGCAGGAGTCGAATAGGcc > 1:2448552/1‑148 (MQ=255) gTTTTCGATGATTTCTGCAAAAAGTAATAATTTGCACATATTGGATTGTGCGAAAAAGAGTAATTTGTTCACGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATTCGACCTATAAAACTATGCAAATTCAATACATTGCAGGAGTCGAATAGGcc < 1:1266963/148‑1 (MQ=255) tttCGATGATTTCTGGAAAAAGTAATAATTTGCACATATTGGATTGTGCGAAAAAGAGTAATTTGTTCACGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATTCGACCTATAAAACTATGCAAATTCAATACATTGCAGGAGTCGAATAGGCCTg 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |