Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,860,183 | G→T | 89.3% | R183S (CGC→AGC) | mipA ← | scaffolding protein for murein synthesizing machinery |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,860,183 | 0 | G | T | 89.3% | 446.2 / 53.0 | 187 | R183S (CGC→AGC) | mipA | scaffolding protein for murein synthesizing machinery |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/9); new base T (80/87); total (91/96) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.01e-01 |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
TCGGGCTGTCAGTAACTTCATCAGACAGACGGGTGTAGCGTGCGGTACCGTAAACACTCCAGTCGCCGAGGAAGTTGTAGCTGGCGCTCAGCTCCAGGTAAGGGCTCCAGCTGTCGTTCGGGTTATAGCCACGCAGACCGCTGCGAGCGGACTCTTTGCGCGATACGCCATAATAGTATTCGTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTG > CP009273/1860039‑1860325 | tCGGGCTGTCAGTAACTTCATCAGACAGACGGGTGTAGCGTGCGGTACCGTAAACACTCCAGTCGCCGAGGAAGTTGTAGCTGGCGCTCAGCTCCAGGTAAGGGCTCCAGCTGTCGTTCGGGTTATAGCCACGCAGACCGCTGCTAGc > 1:3019833/1‑148 (MQ=255) tCGGGCTGTCAGTAACTTCATCAGACAGACGGGTGTAGCGTGCGGTACCGTAAACACTCCAGTCGCCGAGGAAGTTGTAGCTGGCGCTCAGCTCCAGGTAAGGGCTCCAGCTGTCGTTCGGGTTATAGCCACGCAGACCGCTGCTAGc > 1:2737795/1‑148 (MQ=255) cGGGCTGTCAGTAACTTCATCAGACAGACGGGTGTAGCGTGCGGTACCGTAAACACTCCAGTCGCCGAGGAAGTTGTAGCTGGCGCTCAGCTCCAGGTAAGGGCTCCAGCTGTCGTTCGGGTTATAGCCACGCAGACCGCTGCTAGCg > 2:1984854/1‑148 (MQ=255) ggCTGTCAGTAACTTCATCAGACAGACGGGTGTAGCGTGCGGTACCGTAAACACTCCAGTCGCCGAGGAAGTTGTAGCTGGCGCTCAGCTCCAGGTAAGGGCTCCAGCTGTCGTTCGGGTTATAGCCACGCAGACCGCTGCTAGCGGa > 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |